ATmaCA
07-07-2010, 07:15 AM
الحمد لله وحده ..
يزعم الجاهليون حديثًا وجود شيئًا مشتركًا بين الإنسان والقرد ، وهو الريتروفيرس ويستدلون بذلك على الأصل المشترك ، ويحرصون على إثارة الشبه فى الوحى وفى الدين ، عتواً واستكباراً وهي شبه واهية مردودة . فهذه الـ ERVs تشبه ما جادلوا فيه كثيرًا قبل ذلك عن الـ Junk DNA ! والآن ماذا يفعل التطوريون غير الخجل من حتى التلميح إن Junk DNA كان دليلًا عندهم على نظرية التطور ، والآن نسفت الحجة نسفًا ، وبماذا ؟ بالعلم الذى يقرأونه للتدليس ولخدمة أيدلوجاتهم وليس للتعلم علمًا نافعًا.
الريتروفيرس هو عبارة عن ترسبات موجودة فى الجينوم البشرى ، يشترك فيها الإنسان وبعض الحيوانات كالقرود ، ويستدل بذلك الملاحدة على أن الأصل واحد (السلف المشترك) ؛ وقد تتبعت المصادر الإلحادية المعتبرة التى تصرخ عند أى إكتشاف ولو بسيط لتستدل به على عدم وجود خالق! ، فما وجدت ذكرًا للريتروفيرس على الإطلاق ، بل عملاق الملاحدة ، الصغير فى نظر من يؤمنون بالله تعالى "ريتشارد دوكنز" لم يستشهد ولو إستشهاد على إستحياء بهذا الذى من المفترض دليلًا قويًا على الإلحاد عند بعض الملاحدة ، وهو هو ، الذى يروج للإلحاد بكل ما أوتى من قوة .. فما الذى منعه من ذكره ولو على إستحياء ؟! وهو الذى ذكر قبل ذلك أمورًا أقل بكثير منه ؟ ..
طبعًا السبب واضح ، وهو أن هذا الدليل ليس بالدليل القوى المفحم ، بل ليس دليلًا على الإطلاق ويمكن توظيفه لصالح حجة وجود الله أكثر من حجة الملاحدة .. ولذا سأركز فى ردى على فوائد الريتروفيرس ، وإثبات أنها تحتاج لخالق قدير ..
فأولًا : عند الإنتهاء من فك شفرة الجينوم البشرى ، نسف العلماء ما يسمى بالجنك دى إن إيه ، أو الدى إن أيه المهمل الذى لافائدة له ، وقد اكتشف العلماء أن ما كان خرافة أصبح لها فائدة الآن ، وتقوم نسبة كبيرة من هذه المساحة بالترجمة إلى rna ، ويمكنك ببحث بسيط معرفة فائدة الجنك دى إن إيه Junk DNA ، وأيضًا فوائد الريتروفيرس كوظيفة فى الخلية خلقها الله تعالى فى الإنسان وبعض المخلوقات ..
ثانيًا : ما أكتشف من فوائد الريتروفيرس أن هذا ليس مجرد ترسب عشوائى ، بل لها فوائد كثيرة جدًا فى الخلية ، ووجودها يساعد على إدارة ترجمة البروتينات ، وتحكم فى مستوى الترجمة الجينية عند بعض الكائنات الحية ، وذلك للأنسجة التناسلية والمشيمة والهرمونات الجنسية والأمعاء الغليظة ، وتعطى القدرة لجين يسمى p53 ليكون ذو قدرة على التحكم بجينات مرتبطة بانقسام الخلية وإصلاح الحمض النووى وموت الخلية .
The group trolled the human genome for ERVs, identified p53 binding sites in them, and tested their ability to activate genes regulated by p53. More than one-third of all known p53-binding sites turned out to be associated with ERVs, they discovered
....
These results raise new questions about the role of so-called "junk DNA," the vast regions of the genome that don't code for proteins. ERVs fall into that category. Many scientists once believed that such DNA served no purpose, but new data from the Haussler lab and other labs are challenging that view.
....
We report that LTR class I endogenous retrovirus (ERV) retro-elements impact considerably the transcriptional network of human tumor suppressor protein p53. A total of 1,509 of ≈319,000 human ERV LTR regions have a near-perfect p53 DNA binding site. The LTR10 and MER61 families are particularly enriched for copies with a p53 site. These ERV families are primate-specific and transposed actively near the time when the New World and Old World monkey lineages split. Other mammalian species lack these p53 response elements. Analysis of published genomewide ChIP data for p53 indicates that more than one-third of identified p53 binding sites are accounted for by ERV copies with a p53 site. ChIP and expression studies for individual genes indicate that human ERV p53 sites are likely part of the p53 transcriptional program and direct regulation of p53 target genes. These results demonstrate how retro - elements can significantly shape the regulatory network of a transcription factor in a species-specific manner.
.......
Despite the general selection against ERVs near genes, the number of examples of promoters and enhancers derived from ERVs is steadily increasing
.....
We report that human ERVs actively shape the p53 transcriptional network in a species-specific manner. p53 sites are highly enriched in LTRs of a few ERV subfamilies. These p53 site-containing LTRs are in vivo binding sites for p53 and account for >30% of p53 sites found in a genomewide ChIP analysis
....
ERVs are known to be involved in a wide range of physiological processes of the host. (1) Direct coding of proteins. ERVs are highly expressed in reproductive tissues (ovaries, testes, placenta, etc.) and the early embryo (Arimi et al. 2006; Kjeldbjerg et al. 2008; Peaston et al. 2004)
....
ERVs, especially their LTR, may provide regulatory sequences for nearby genes (Conley, Piriyapongsa, and Jordan 2008). Multiplicity of ERV copies offers synchronized regulation of interspersed genes (regulatory suites) (Shapiro 2005); while transposition of ERVs confers flexibility to the genome, reshaping it at different stages of life and in different environments (Borger 2009a). The former is exemplified by the finding that ERVs offer alternative promoters and first exons for a significant proportion of genes expressed in the oocyte and early embryonic cells of the mouse (Peaston 2004), while the latter is seen in yeast Ty elements, which are more actively transposing than animal ERVs
.....
ERV activities are often associated with DNA damages and play a role in repair mechanisms. It has been shown that ERVs are activated when the cell is irradiated with UV or treated with chemical mutagens (Hohenadl et al. 1999; Hsieh and Weinstein 1990; Lesage and Todeschini 2005).
....
أما قيامها بالترجمة إلى بروتينات :
We report the existence of 51 197 ERV-derived promoter sequences that initiate transcription within the human genome, including 1743 cases where transcription is initiated from ERV sequences that are located in gene proximal promoter or 5' untranslated regions (UTRs). A total of 114 of the ERV-derived transcription start sites can be demonstrated to drive transcription of 97 human genes, producing chimeric transcripts that are initiated within ERV long terminal repeat (LTR) sequences and read-through into known gene sequences. s ERV promoters drive tissue-specific and lineage-specific patterns of gene expression and contribute to expression divergence between paralogs. These data illustrate the potential of retroviral sequences to regulate human transcription on a large scale consistent with a substantial effect of ERVs on the function and evolution of the human genome.
جاء أيضًا :
Our analysis revealed that retroviral sequences in the human genome encode tens-of-thousands of active promoters; transcribed ERV sequences correspond to 1.16% of the human genome sequence and PET tags that capture transcripts initiated from ERVs cover 22.4% of the genome.
....
وعن المشيمة فى الثديات وفوائد ERVs :
Endogenous retroviruses (ERVs) are fixed and abundant in the genomes of vertebrates. Circumstantial evidence suggests that ERVs play a role in mammalian reproduction, particularly placental morphogenesis, because intact ERV envelope genes were found to be expressed in the syncytiotrophoblasts of human and mouse placenta and to elicit fusion of cells in vitro. We report here in vivo and in vitro experiments finding that the envelope of a particular class of ERVs of sheep, endogenous Jaagsiekte sheep retroviruses (enJSRVs), regulates trophectoderm growth and differentiation in the periimplantation conceptus (embryo/fetus and associated extraembryonic membranes)
Our research supports the idea that endogenous retroviruses shaped the evolution of the placenta in mammals and then became indispensable for pregnancy, and thus may be why they are expressed in the placenta of many mammals," he said
Source: Researchers Discover That Sheep Need Retroviruses For Reproduction
The ancient retroviruses -- distant relatives of the human immunodeficiency virus (HIV) -- helped a gene called p53 become an important "master gene regulator" in primates , according to a study published this week in the online early edition of Proceedings of the National Academy of Sciences.
The study, led by researchers at the University of California, Santa Cruz, offers an explanation for how regulatory networks of genes evolved. Not all genes are created equal; some are masters that can selectively turn on and off many other genes. The advent of gene regulatory networks allowed for greater control over gene expression in higher vertebrates. With tightly controlled variations in gene expression, species that had very similar genetic codes--for instance, humans and chimpanzees--could nevertheless exhibit striking differences.
...
فما يزعمون أنه دليل فوائد كبيرة جدًا ، جزيئية وفسيولوجية ، فالسؤال الآن موجه إليكم : هل هذه الـ ERVS دخلت جسم الإنسان مصادفة كما تقولون ، وأنها - كما تقولون - دليل على الأصل المشترك بين الإنسان والقرد ، فهل الـ ERVS دخل مصادفة ليقوم بعمل تناغم غير عادى يساعد جزيئيًا وفسيولوجيًا على تمام أداء وظائف الجسم البشرى على المستوى الصغير أو المستوى الكبير ؟ طبعًا لايقول عاقل أن وجودها جاء بسبب ترسبات كما تقولون ، بل حسب العلم لها وظائف حيوية وضروية فى الإنسان والكثير من الكائنات كالأغنام مثلًا ، فليس الإقتصار على الشمبانزى فحسب ..
أليست هذه أدلة ناصعة على أن الـ ERVS خلقها خالق لتؤدى وظائف حيوية فى جسم الإنسان ؟
ولايقول عاقل أنها تطورت لتخدم الخلية بهذا الشكل المعجز!
....
دخول الريتروفيروسات إلى داخل الخلية المستضيفة لا يتم عشوائياً على عكس الدراسات الناقصة السابقة التي كانت تزعم بهذه العشوائية ، وها هي خلاصة مجموعة من الأبحاث والدراسات "الطازة" التي تؤكد ذلك (وستكشف هذه الدراسات أشياء أكثر عن هذا الموضوع في المستقبل القريب):
(1) قد وجد أن عملية اندماج الريتروفيروسات "البشرية" والحيوانية في الجينوم المستضيف لها لا تأتي عشوائياً، حيث يفضّل فيروس الـ Murine Leukemia مواقع بداية الترجمة start sites، فيما يفضل فيروس نقص المناعة المكتسبة HIV الدخول في الجينات التي في حالة ترجمة بالفعل. ورغم أن المواقع المفضلة للريتروفيروسات الحديثة المسببة للأمراض قد انحرفت عن المواقع التي كانت تستهدفها قديماً، إلا أن وجود هذه الظاهرة بحد ذاتها يدلنا على أن للريتروفيروسات خاصية الدخول إلى مواقع محددة بدقة highly-specific، ولا تستهدف غيرها. ليس هذا فحسب، بل أن وجود هذه الريتروفيروسات يمنع إصابة الخلايا بريتروفيروسات أخرى أشد ضرراً لأنها تمنع تمركز جيناتها في المواقع التي تتواجد فيها، وذلك وفق تكنيك يُسمى بالـ homology-dependent gene silencing.
It has been noticed recently that integration of human and animal retroviruses into the host genome is not entirely random. For example, the murine leukemia virus prefers transcription start sites, while the human immunodeficiency virus prefers to insert in actively transcribed genes (Mitchell et al. 2004). While the preferred sites of modern pathogenic retroviruses may have deviated from the intended targets at the time of their creation, the phenomenon does suggest precise insertion as a designed feature of retroviruses
(2) أن المواقع الدقيقة التي اتخذتها الـ ERVs في الجينوم البشري ونشرها لعدد هائل من نسخ التتابعات الحمضية هي التي سمحت للجين p53 (والذي يطلق عليه master gene أو guardian of the genome ) بتنظيم الكثير من الجينات الأخرى، وهو ما يحملنا على الاعتقاد بأن هذه المواقع لم تحدث مصادفة
ERVs jumped into new positions throughout the human genome and spread numerous copies of repetitive DNA sequences that allowed p53 to regulate many other genes , the team contends
" This would have provided a mechanism to quickly establish a gene regulatory network in a very short evolutionary time frame," said Ting Wang, a post-doctoral researcher at UCSC and lead author of the paper.
p53 was crowned "guardian of the genome," as biologists now call it. Its job is to coordinate the surveillance system that monitors the well-being of cells. Indeed, p53 is so important that when it fails, cancer often results. About half of all human tumors contain a mutated or defective p53 gene .
(3) هذه الدراسة تثبت أن الاندماج ليس عشوائياً يا أعزائي، بل وأنه عالي التخصص، وبشكل يعود بالنفع في بعض الأحيان على الكائن الحي!!
http://www.springerlink.com/content/k2888k176321g865/
The present results indicate that there are highly specific integration patterns for each endogenous retrovirus that do not readily relate to their sequence or particle classification. Each host genome may utilize these elements for contrary, and possibly beneficial functions.
...
Endogenous retroviruses in modern genomes are generally oriented away from genes, on the complementary strand of DNA antisense to genes, or in introns (van de Lagemaat, Medstrand, and Mager 2006). This may be due to design rather than selection, and it implies the detrimental nature of random insertions.
Common design and controlled activities may explain the similarities between human and primate ERVs, while deregulation in viral replication and integration is responsible for the pathogenesis of modern retroviruses. Re-endogenization of degenerated exogenous retroviruses is mostly detrimental.
(4) وهذه دراسة أحدث (وضعت في بداية 2008)، وهي أكثر دقة من الدراسة السابقة، وتضع هذه النتيجة بشكل حاسم، والدراسة تحمل عنوان:
Retroviral Integration Process in the Human Genome: Is It Really Non-Random? A New Statistical Approach
وفيما يلي بعض اقتباسات من الدراسة السابقة:
There is now compelling evidence that integration of retroviral vectors follows non-random patterns in mammalian genome, with a preference for active genes and regulatory regions.
In recent approaches, the observed distribution of MLV (*= a type of retroviruses) integration distances (IDs) from the TSS of the nearest gene is assumed to be non-random by empirical comparison with a random distribution generated by computational simulation procedures.
Just few years ago, retrovirus integration was believed to be random, and the chance of accidentally activating a gene was considered remote. Recent studies based on cellular and animal models (reviewed in [6]) reported empirical evidence of preference for certain retroviral vectors.
وفيما يلي بعض عناوين الدراسات التي تناولت موضوع ‘عدم العشوائية’ non-randomness، وكلها نشرت خلال الأعوام القليلة الماضية:
Medstrand P, Mager DL. Human-specific integrations of the HERV-K endogenous retrovirus family.
Hematti P, Hong BK, Ferguson C, Adler R, Hanawa H, et al.
Distinct genomic integration of MLV and SIV vectors in primate hematopoietic stem and progenitor cells. PLoS Biol. 2004;2:e423. doi:10.1371/journal.pbio.0020423.
Abel U, Deichmann A, Bartholomae C, Schwarzwaelder K, Glimm H, et al. Real-time definition of non-randomness in the distribution of genomic events. PLoS ONE. 2007;2:e570. doi: 10.1371/journal.pone.0000570
Wu X, Li Y, Crise B, Burgess SM. Transcription start regions in the human genome are favored targets for MLV integration. Science. 2003;300:1749–1751
Cattoglio C, Facchini G, Sartori D, Antonelli A, Miccio A, et al.
Hot spots of retroviral integration in human CD34(+) hematopoietic cells. Blood. 2007;110:1770–1778
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2453317/
Laufs S, Gentner B, Nagy Z, Jauch A, Benner A, et al. (2003) Retroviral vector integration occurs in preferred genomic targets in human bone marrow-repopulating cells. Blood 101: 2191–
والآن سنتناول القضية الأخطر التي تثبت أنه حتى إذا أخرجنا (الوظيفة) أو (عدم العشوائية) من الحسبان، فإن الـ ERVs تهدم السيناريو التاريخي الطبيعي للتطور (!!)
وسنستعرض الآن دراسة تُثبت عدم حجية الـ ERVs في إثبات "الأصل المشترك" للإنسان مع الرئيسيات الأخرى وفق المنظور التطوري ...
في دراسة جديدة، أجرى الباحث Evan Eichler وفريقه مسحاً للخريطة الوراثية الكاملة لجينوم الشمبانزي بحثاً عن أي ERVs، ووجدوا واحداً يُدعى (PTERV1) لم يكن له نظير موجود في البشر.
وقد كشف البحث في الخريطة الوراثية لمجموعة فرعية من الـ apes والـ monkeys عن أن هذا الريتروفيروس قد اندمج في الخط التناسلي للـ African great apes و الـ Old World Monkeys – ولكنها لم تصب البشر ولا القرود الآسيوية (من أنواع orangutan والـ siamang والـ gibbon). ويقوّض هذا الاكتشاف فكرة أن عملية الإصابة القديمة قد أصابت سلسلة الرئيسيات، نظراً لأن الـ great apes (ومنها البشر) يفترض بها أنها تشترك في سلف مشترك مع الـ Old World Monkeys.
وقد وجد Eichler وزملاءه أكثر من 100 نسخة من الـ PTERV1 في كل أنواع القردة الآسيوية (الشامبانزي والغوريلا) والـ Old World Monkeys (البابون والماكيك). وقد قارن الباحثون بين المواقع التي أصابها الريتروفيروس في كل نوع من أنواع هذه الرئيسيات، ووجدوا أنه لا توجد بالكاد مواقع مشتركة بين الرئيسيات – وبذلك يتضح عدم وجود تتابعات نيوكليوتيدية انحدرت دون تغيير من أي سلف مشترك، وأن كل منها جاء كسمة مميزة لكل نوع.
إذن فالدراسة السابقة تقول بأنها عثرت على ERVs في الشمبانزي والـ Old World Monkeys والقرود الأفريقية ولم تعثر عليها في في البشر أو القردة الآسيوية، رغم أنف العلاقة الفيلوجينية بين هذه الأنواع . ولو كانت كل هذه الأنواع قد انحدرت من سلف مشترك، لكان من الواجب أن تضم جميعها نفس الريرتوفيروسات. فلا يوجد أي معنى إطلاقاً في أن تظل الإصابة موجودة في الـ Old World Monkeys بالإضافة إلى الغوريلا والشمبانزي، وتختفي بهذا الشكل في الأورانجوتان أو البشر!!!!
In a new study, Evan Eichler and colleagues scanned finished chimpanzee genome sequence for endogenous retroviral elements, and found one called (PTERV1) that does not occur in humans.
Searching the genomes of a subset of apes and monkeys revealed that the retrovirus had integrated into the germline of African great apes and Old World monkeys – but didn't infect humans and Asian apes (orangutan, siamang, and gibbon). This undermines the notion that an ancient infection invaded an ancestral primate lineage, since great apes (including humans) share a common ancestor with Old World monkeys.
Eichler and colleagues found over 100 copies of PTERV1 in each African ape (chimp and gorilla) and Old World Monkeys (baboon and macaque) species. The authors compared the sites of viral integration in each of these primates and found that few if any of these insertion sites were shared among primates – It appears therefore that sequences have not been conserved from a common ancestor, but are specific to each lineage.
….
PTERV1 contains three structural genes—gag, pol, and env—and regulatory sequences called long terminal repeats (LTRs). To further explore the evolutionary history of the retroviral elements, the authors compared the sequences of gag and pol, as well as the LTR sequences, for each infected primate species. The sequence history, they discovered, did not comport with the established evolutionary history of the primates themselves. Divergence between macaque and baboon was significantly greater than between gorilla and chimp—even though slightly more evolutionary time separates gorilla and chimp than macaque and baboon.
النتائج التي توصلت إليها دراسة حديثة استخدمت نماذج لاختبار عملية اندماج الـ HERVs (مثل فيروس الـ HIV و فيروس الـ ASLV و فيروس الـ MLV)، وهي أول دراسة تستخدم ريتروفيروس HERV فعلي للوقوف على عشوائية الاندماج من عدمه، وكانت النتيجة أن الريتروفيروس لم يختر الاندماج بشكل عشوائي، بل اختار استهداف الجينات التي في حالة ترجمة transcription نشطة. ويُقدّر بأننا في كل لحظة، نواجه نحو مئتي جين في حالة ترجمة نشطة داخل الخلية، وعليه فمن الواضح أن عملية اندماج الـ HERV-K هي حادثة عالية التخصص، لأنها تستهدف الجينات التي في حالة ترجمة فقط.
أما النتيجة الأكثر إدهاشا، فهي أنه عندما تطلع الباحثون لموقع الـ HERV-K الحالية في الجينوم مقارنة بالمواقع التي تمركز فيها الـ HERV-K قديماً، وجدوا أن المواقع التي اقتحمتها الريتروفيروسات جاءت محصلة عملية تطهير من خلال محو التغيرات المدمرة!!
والسبب في ذلك كما هو قلنا هو أن HERV-K المارة بعملية الترجمة، وهو ما يؤدي بها إلى التسبب في حدوث طفرات في هذه الجينات. والغالبية العظمى من هذه الطفرات طفرات مدمرة، وتؤدي إلى توقف عمل الجين، والسبب في ذلك أن الريتروفيروس قد يدخل في منطقة الـ promoters أو العناصر التنظيمية regulatory للجين؛ وبشكل يعطل هذا الجين ويمنعه من ترجمة نفسه بعد ذلك، أو قد يؤدي لترجمته بشكل مفرط. وقد يدخل الريتروفيروس إلى المنطقة المختصة بالتشفير من الجين بشكل يتسبب في حدوث طفرة بالحذف أو الإضافة "frameshift mutation"، وبشكل ينجم عنه بروتين مختل وظيفياً dysfunctional، وأمثال هذه البروتينات تؤدي إلى موت الخلية. أما في السيناريو التدميري الآخر فيدخل الريتروفيروس بجوار الجينات المشاركة في العملية التنظيمية لدورة الخلية، ومن الأمثلة على ذلك الـ cyclin والـ cyclin-dependent kinase ، والتي تتسبب عند دخولها إلى هذه الجينات إلى إفساد العملية التنظيمية للدورة الخلوية، مؤدية إلى نمو وتناسخ غير محكوم للخلايا، وهذا بالضبط ما يحدث عن الإصابة بالأورام السرطانية. والكثير من الريتروفيروسات التي تدخل في الأجزاء التنظيمية في دورة الخلية (أو في الجينات المثبطة للأورام أو الـ proto- oncogenes) قد تتسبب في حدوث السرطان.
أما السبب الثالث، فهو أنه نظراً لأن هذه الفيروسات تستهدف الجينات المترجمة، فإن البروتينات الفيروسية سوف تترجم على سطح الخلية لتظهرها جزيئات الـ MHC-class I على هيئة شذرات ببتيدية يتولى يفحصها الجهاز المناعي، ونتيجة لذلك فإن الجهاز المناعي، وجزيئاته القاتلة الطبيعية، تقوم بالتعرف على هذه البروتينات باعتبارها ذات أصل فيروسي – لأنها تعرف أنها لا تنتمي لمجموعة الجزيئات التي تنتجها الخلايا - وتقوم بتدمير الخلايا المصابة بالريتروفيروس.
وكل هذه العمليات مجتمعة تؤدي إلى تحديد وتحجيم المواضع التي تتمركز فيها الريتروفيروسات في الجينوم، ويمكن تلخيص هذه العمليات فيما يلي:
1-عمليات الانتقاء المخصصة للمواقع التي تقوم بها الـ HERV-K، عن طريق اختيارها الجينات المنخرطة في عملية ترجمة.
2- موت الخلايا الناجم عن تعرض عملية الترجمة فيها لخلل نتيجة تموضع الريتروفيروسات.
3- موت الخلايا التي تتشكل فيها البروتينات الشاذة غير الطبيعية.
4- موت الخلايا التي تؤدي فيها الريتروفيروسات إلى تفعيل الجينات المسببة للسرطان.
5- موت الخلايا التي يرصد الجهاز المناعي إصابتها بأحد الريتروفيروسات.
ولتوضيح الفكرة السابقة، يمكن تشبيه الريتروفيروسات كجيش يزمع الانتشار عبر كل مداخل المدينة التي يدخلها ، ولكن نظراً للموانع القوية التي ستقوم بمواجهته في أماكن كثيرة، وقوة البطش التي سيتعرض لها في أماكن أخرى، وخنادق في جهة ثالثة، فإن الجيش في النهاية سيضطر لاتخاذ مواقع معينة هي الوحيدة التي تؤمن له أكبر نسبة أمان ممكنة في الدخول.
ونحن نشترك في 98% في جيناتنا مع القرود. وعليه، فإننا نتشارك في 98% من تسلسل القواعد الأمينية. ونظراً لأن إنزيم الـ integrase الخاص بالريتروفيروسات يستهدف تسلسلات معينة من الحمض النووي، فإن الاحتمال يكون أكبر إذن بأن تستهدف نفس الجينات لدى كل من البشر والقرود، وغيرهم من الثدييات.
ولأننا مشتركون مع القرود في معظم العمليات الفسيولوجية والبيولوجية الجزيئية، فإن نفس عملية التطهير purifying selection ستحدث لدى كل من البشر والقرود. ولذلك فإن عمليات الإصابة المنفصلة ستؤدي لتمركز بقايا الـ HERV-K في نفس المواقع (هذا إذا أخذنا بنظرية الإصابة العشوائية) . وبالتالي، فإن هذه الإصابات ليست دالة على وجود "سلف مشترك" كما يزعم التطوريون، فقد يصاب شخصان بنفس الريتروفيروس، وتؤدي آلياته الخاصة بانتقاء الموقع إضافة إلى عملية "التطهير الخلوي" إلى تمركز الكثير من الريتروفيروسات في نفس الأماكن.
هذا طبعاً إذا أخذنا أصلاً بنظرية الإصابة، لأن وجود وظائف تلعبها الـ HERVs يجعلها إما جزءاً من التصميم الأساسي للثدييات، وإما أن الله قد وضعها خصيصاً لكي تؤدي هذه الوظائف المهمة.
هذه معلومات عن الـ ERVs والتي لابد أنها أثقلت كاهل (دوكينز) ودعته للتغاضي عن هذا الدليل بقلب مثقل، وأنا أتوقع أنه لو كان متأكداً من هذا الدليل، لكان قد أورده في صدر كتابه وأفرد له فصلاً كاملاً لوحده !!! . ونتوقع بإذن الله أن يكشف لنا المستقبل القريب جداً (الأعوام الثلاث القادمة) المزيد مما لا نعرفه عن وظائف الـ ERVs وغيرها من الـ "Junk DNA"....
___________
المصدر:
كتابات topoisomer
http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 233630.htm
http://www.pnas.org/content/100/22/12841.full
http://www.physorg.com/news114266805.html
http://www.pnas.org/content/104/47/18613.full
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18535086
http://www.4shared.com/document/bY3kxQk ... trovi.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18535086
http://bioinformatics.oxfordjournals.or ... 24/14/1563
http://www.pnas.org/content/103/39/14390
يزعم الجاهليون حديثًا وجود شيئًا مشتركًا بين الإنسان والقرد ، وهو الريتروفيرس ويستدلون بذلك على الأصل المشترك ، ويحرصون على إثارة الشبه فى الوحى وفى الدين ، عتواً واستكباراً وهي شبه واهية مردودة . فهذه الـ ERVs تشبه ما جادلوا فيه كثيرًا قبل ذلك عن الـ Junk DNA ! والآن ماذا يفعل التطوريون غير الخجل من حتى التلميح إن Junk DNA كان دليلًا عندهم على نظرية التطور ، والآن نسفت الحجة نسفًا ، وبماذا ؟ بالعلم الذى يقرأونه للتدليس ولخدمة أيدلوجاتهم وليس للتعلم علمًا نافعًا.
الريتروفيرس هو عبارة عن ترسبات موجودة فى الجينوم البشرى ، يشترك فيها الإنسان وبعض الحيوانات كالقرود ، ويستدل بذلك الملاحدة على أن الأصل واحد (السلف المشترك) ؛ وقد تتبعت المصادر الإلحادية المعتبرة التى تصرخ عند أى إكتشاف ولو بسيط لتستدل به على عدم وجود خالق! ، فما وجدت ذكرًا للريتروفيرس على الإطلاق ، بل عملاق الملاحدة ، الصغير فى نظر من يؤمنون بالله تعالى "ريتشارد دوكنز" لم يستشهد ولو إستشهاد على إستحياء بهذا الذى من المفترض دليلًا قويًا على الإلحاد عند بعض الملاحدة ، وهو هو ، الذى يروج للإلحاد بكل ما أوتى من قوة .. فما الذى منعه من ذكره ولو على إستحياء ؟! وهو الذى ذكر قبل ذلك أمورًا أقل بكثير منه ؟ ..
طبعًا السبب واضح ، وهو أن هذا الدليل ليس بالدليل القوى المفحم ، بل ليس دليلًا على الإطلاق ويمكن توظيفه لصالح حجة وجود الله أكثر من حجة الملاحدة .. ولذا سأركز فى ردى على فوائد الريتروفيرس ، وإثبات أنها تحتاج لخالق قدير ..
فأولًا : عند الإنتهاء من فك شفرة الجينوم البشرى ، نسف العلماء ما يسمى بالجنك دى إن إيه ، أو الدى إن أيه المهمل الذى لافائدة له ، وقد اكتشف العلماء أن ما كان خرافة أصبح لها فائدة الآن ، وتقوم نسبة كبيرة من هذه المساحة بالترجمة إلى rna ، ويمكنك ببحث بسيط معرفة فائدة الجنك دى إن إيه Junk DNA ، وأيضًا فوائد الريتروفيرس كوظيفة فى الخلية خلقها الله تعالى فى الإنسان وبعض المخلوقات ..
ثانيًا : ما أكتشف من فوائد الريتروفيرس أن هذا ليس مجرد ترسب عشوائى ، بل لها فوائد كثيرة جدًا فى الخلية ، ووجودها يساعد على إدارة ترجمة البروتينات ، وتحكم فى مستوى الترجمة الجينية عند بعض الكائنات الحية ، وذلك للأنسجة التناسلية والمشيمة والهرمونات الجنسية والأمعاء الغليظة ، وتعطى القدرة لجين يسمى p53 ليكون ذو قدرة على التحكم بجينات مرتبطة بانقسام الخلية وإصلاح الحمض النووى وموت الخلية .
The group trolled the human genome for ERVs, identified p53 binding sites in them, and tested their ability to activate genes regulated by p53. More than one-third of all known p53-binding sites turned out to be associated with ERVs, they discovered
....
These results raise new questions about the role of so-called "junk DNA," the vast regions of the genome that don't code for proteins. ERVs fall into that category. Many scientists once believed that such DNA served no purpose, but new data from the Haussler lab and other labs are challenging that view.
....
We report that LTR class I endogenous retrovirus (ERV) retro-elements impact considerably the transcriptional network of human tumor suppressor protein p53. A total of 1,509 of ≈319,000 human ERV LTR regions have a near-perfect p53 DNA binding site. The LTR10 and MER61 families are particularly enriched for copies with a p53 site. These ERV families are primate-specific and transposed actively near the time when the New World and Old World monkey lineages split. Other mammalian species lack these p53 response elements. Analysis of published genomewide ChIP data for p53 indicates that more than one-third of identified p53 binding sites are accounted for by ERV copies with a p53 site. ChIP and expression studies for individual genes indicate that human ERV p53 sites are likely part of the p53 transcriptional program and direct regulation of p53 target genes. These results demonstrate how retro - elements can significantly shape the regulatory network of a transcription factor in a species-specific manner.
.......
Despite the general selection against ERVs near genes, the number of examples of promoters and enhancers derived from ERVs is steadily increasing
.....
We report that human ERVs actively shape the p53 transcriptional network in a species-specific manner. p53 sites are highly enriched in LTRs of a few ERV subfamilies. These p53 site-containing LTRs are in vivo binding sites for p53 and account for >30% of p53 sites found in a genomewide ChIP analysis
....
ERVs are known to be involved in a wide range of physiological processes of the host. (1) Direct coding of proteins. ERVs are highly expressed in reproductive tissues (ovaries, testes, placenta, etc.) and the early embryo (Arimi et al. 2006; Kjeldbjerg et al. 2008; Peaston et al. 2004)
....
ERVs, especially their LTR, may provide regulatory sequences for nearby genes (Conley, Piriyapongsa, and Jordan 2008). Multiplicity of ERV copies offers synchronized regulation of interspersed genes (regulatory suites) (Shapiro 2005); while transposition of ERVs confers flexibility to the genome, reshaping it at different stages of life and in different environments (Borger 2009a). The former is exemplified by the finding that ERVs offer alternative promoters and first exons for a significant proportion of genes expressed in the oocyte and early embryonic cells of the mouse (Peaston 2004), while the latter is seen in yeast Ty elements, which are more actively transposing than animal ERVs
.....
ERV activities are often associated with DNA damages and play a role in repair mechanisms. It has been shown that ERVs are activated when the cell is irradiated with UV or treated with chemical mutagens (Hohenadl et al. 1999; Hsieh and Weinstein 1990; Lesage and Todeschini 2005).
....
أما قيامها بالترجمة إلى بروتينات :
We report the existence of 51 197 ERV-derived promoter sequences that initiate transcription within the human genome, including 1743 cases where transcription is initiated from ERV sequences that are located in gene proximal promoter or 5' untranslated regions (UTRs). A total of 114 of the ERV-derived transcription start sites can be demonstrated to drive transcription of 97 human genes, producing chimeric transcripts that are initiated within ERV long terminal repeat (LTR) sequences and read-through into known gene sequences. s ERV promoters drive tissue-specific and lineage-specific patterns of gene expression and contribute to expression divergence between paralogs. These data illustrate the potential of retroviral sequences to regulate human transcription on a large scale consistent with a substantial effect of ERVs on the function and evolution of the human genome.
جاء أيضًا :
Our analysis revealed that retroviral sequences in the human genome encode tens-of-thousands of active promoters; transcribed ERV sequences correspond to 1.16% of the human genome sequence and PET tags that capture transcripts initiated from ERVs cover 22.4% of the genome.
....
وعن المشيمة فى الثديات وفوائد ERVs :
Endogenous retroviruses (ERVs) are fixed and abundant in the genomes of vertebrates. Circumstantial evidence suggests that ERVs play a role in mammalian reproduction, particularly placental morphogenesis, because intact ERV envelope genes were found to be expressed in the syncytiotrophoblasts of human and mouse placenta and to elicit fusion of cells in vitro. We report here in vivo and in vitro experiments finding that the envelope of a particular class of ERVs of sheep, endogenous Jaagsiekte sheep retroviruses (enJSRVs), regulates trophectoderm growth and differentiation in the periimplantation conceptus (embryo/fetus and associated extraembryonic membranes)
Our research supports the idea that endogenous retroviruses shaped the evolution of the placenta in mammals and then became indispensable for pregnancy, and thus may be why they are expressed in the placenta of many mammals," he said
Source: Researchers Discover That Sheep Need Retroviruses For Reproduction
The ancient retroviruses -- distant relatives of the human immunodeficiency virus (HIV) -- helped a gene called p53 become an important "master gene regulator" in primates , according to a study published this week in the online early edition of Proceedings of the National Academy of Sciences.
The study, led by researchers at the University of California, Santa Cruz, offers an explanation for how regulatory networks of genes evolved. Not all genes are created equal; some are masters that can selectively turn on and off many other genes. The advent of gene regulatory networks allowed for greater control over gene expression in higher vertebrates. With tightly controlled variations in gene expression, species that had very similar genetic codes--for instance, humans and chimpanzees--could nevertheless exhibit striking differences.
...
فما يزعمون أنه دليل فوائد كبيرة جدًا ، جزيئية وفسيولوجية ، فالسؤال الآن موجه إليكم : هل هذه الـ ERVS دخلت جسم الإنسان مصادفة كما تقولون ، وأنها - كما تقولون - دليل على الأصل المشترك بين الإنسان والقرد ، فهل الـ ERVS دخل مصادفة ليقوم بعمل تناغم غير عادى يساعد جزيئيًا وفسيولوجيًا على تمام أداء وظائف الجسم البشرى على المستوى الصغير أو المستوى الكبير ؟ طبعًا لايقول عاقل أن وجودها جاء بسبب ترسبات كما تقولون ، بل حسب العلم لها وظائف حيوية وضروية فى الإنسان والكثير من الكائنات كالأغنام مثلًا ، فليس الإقتصار على الشمبانزى فحسب ..
أليست هذه أدلة ناصعة على أن الـ ERVS خلقها خالق لتؤدى وظائف حيوية فى جسم الإنسان ؟
ولايقول عاقل أنها تطورت لتخدم الخلية بهذا الشكل المعجز!
....
دخول الريتروفيروسات إلى داخل الخلية المستضيفة لا يتم عشوائياً على عكس الدراسات الناقصة السابقة التي كانت تزعم بهذه العشوائية ، وها هي خلاصة مجموعة من الأبحاث والدراسات "الطازة" التي تؤكد ذلك (وستكشف هذه الدراسات أشياء أكثر عن هذا الموضوع في المستقبل القريب):
(1) قد وجد أن عملية اندماج الريتروفيروسات "البشرية" والحيوانية في الجينوم المستضيف لها لا تأتي عشوائياً، حيث يفضّل فيروس الـ Murine Leukemia مواقع بداية الترجمة start sites، فيما يفضل فيروس نقص المناعة المكتسبة HIV الدخول في الجينات التي في حالة ترجمة بالفعل. ورغم أن المواقع المفضلة للريتروفيروسات الحديثة المسببة للأمراض قد انحرفت عن المواقع التي كانت تستهدفها قديماً، إلا أن وجود هذه الظاهرة بحد ذاتها يدلنا على أن للريتروفيروسات خاصية الدخول إلى مواقع محددة بدقة highly-specific، ولا تستهدف غيرها. ليس هذا فحسب، بل أن وجود هذه الريتروفيروسات يمنع إصابة الخلايا بريتروفيروسات أخرى أشد ضرراً لأنها تمنع تمركز جيناتها في المواقع التي تتواجد فيها، وذلك وفق تكنيك يُسمى بالـ homology-dependent gene silencing.
It has been noticed recently that integration of human and animal retroviruses into the host genome is not entirely random. For example, the murine leukemia virus prefers transcription start sites, while the human immunodeficiency virus prefers to insert in actively transcribed genes (Mitchell et al. 2004). While the preferred sites of modern pathogenic retroviruses may have deviated from the intended targets at the time of their creation, the phenomenon does suggest precise insertion as a designed feature of retroviruses
(2) أن المواقع الدقيقة التي اتخذتها الـ ERVs في الجينوم البشري ونشرها لعدد هائل من نسخ التتابعات الحمضية هي التي سمحت للجين p53 (والذي يطلق عليه master gene أو guardian of the genome ) بتنظيم الكثير من الجينات الأخرى، وهو ما يحملنا على الاعتقاد بأن هذه المواقع لم تحدث مصادفة
ERVs jumped into new positions throughout the human genome and spread numerous copies of repetitive DNA sequences that allowed p53 to regulate many other genes , the team contends
" This would have provided a mechanism to quickly establish a gene regulatory network in a very short evolutionary time frame," said Ting Wang, a post-doctoral researcher at UCSC and lead author of the paper.
p53 was crowned "guardian of the genome," as biologists now call it. Its job is to coordinate the surveillance system that monitors the well-being of cells. Indeed, p53 is so important that when it fails, cancer often results. About half of all human tumors contain a mutated or defective p53 gene .
(3) هذه الدراسة تثبت أن الاندماج ليس عشوائياً يا أعزائي، بل وأنه عالي التخصص، وبشكل يعود بالنفع في بعض الأحيان على الكائن الحي!!
http://www.springerlink.com/content/k2888k176321g865/
The present results indicate that there are highly specific integration patterns for each endogenous retrovirus that do not readily relate to their sequence or particle classification. Each host genome may utilize these elements for contrary, and possibly beneficial functions.
...
Endogenous retroviruses in modern genomes are generally oriented away from genes, on the complementary strand of DNA antisense to genes, or in introns (van de Lagemaat, Medstrand, and Mager 2006). This may be due to design rather than selection, and it implies the detrimental nature of random insertions.
Common design and controlled activities may explain the similarities between human and primate ERVs, while deregulation in viral replication and integration is responsible for the pathogenesis of modern retroviruses. Re-endogenization of degenerated exogenous retroviruses is mostly detrimental.
(4) وهذه دراسة أحدث (وضعت في بداية 2008)، وهي أكثر دقة من الدراسة السابقة، وتضع هذه النتيجة بشكل حاسم، والدراسة تحمل عنوان:
Retroviral Integration Process in the Human Genome: Is It Really Non-Random? A New Statistical Approach
وفيما يلي بعض اقتباسات من الدراسة السابقة:
There is now compelling evidence that integration of retroviral vectors follows non-random patterns in mammalian genome, with a preference for active genes and regulatory regions.
In recent approaches, the observed distribution of MLV (*= a type of retroviruses) integration distances (IDs) from the TSS of the nearest gene is assumed to be non-random by empirical comparison with a random distribution generated by computational simulation procedures.
Just few years ago, retrovirus integration was believed to be random, and the chance of accidentally activating a gene was considered remote. Recent studies based on cellular and animal models (reviewed in [6]) reported empirical evidence of preference for certain retroviral vectors.
وفيما يلي بعض عناوين الدراسات التي تناولت موضوع ‘عدم العشوائية’ non-randomness، وكلها نشرت خلال الأعوام القليلة الماضية:
Medstrand P, Mager DL. Human-specific integrations of the HERV-K endogenous retrovirus family.
Hematti P, Hong BK, Ferguson C, Adler R, Hanawa H, et al.
Distinct genomic integration of MLV and SIV vectors in primate hematopoietic stem and progenitor cells. PLoS Biol. 2004;2:e423. doi:10.1371/journal.pbio.0020423.
Abel U, Deichmann A, Bartholomae C, Schwarzwaelder K, Glimm H, et al. Real-time definition of non-randomness in the distribution of genomic events. PLoS ONE. 2007;2:e570. doi: 10.1371/journal.pone.0000570
Wu X, Li Y, Crise B, Burgess SM. Transcription start regions in the human genome are favored targets for MLV integration. Science. 2003;300:1749–1751
Cattoglio C, Facchini G, Sartori D, Antonelli A, Miccio A, et al.
Hot spots of retroviral integration in human CD34(+) hematopoietic cells. Blood. 2007;110:1770–1778
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2453317/
Laufs S, Gentner B, Nagy Z, Jauch A, Benner A, et al. (2003) Retroviral vector integration occurs in preferred genomic targets in human bone marrow-repopulating cells. Blood 101: 2191–
والآن سنتناول القضية الأخطر التي تثبت أنه حتى إذا أخرجنا (الوظيفة) أو (عدم العشوائية) من الحسبان، فإن الـ ERVs تهدم السيناريو التاريخي الطبيعي للتطور (!!)
وسنستعرض الآن دراسة تُثبت عدم حجية الـ ERVs في إثبات "الأصل المشترك" للإنسان مع الرئيسيات الأخرى وفق المنظور التطوري ...
في دراسة جديدة، أجرى الباحث Evan Eichler وفريقه مسحاً للخريطة الوراثية الكاملة لجينوم الشمبانزي بحثاً عن أي ERVs، ووجدوا واحداً يُدعى (PTERV1) لم يكن له نظير موجود في البشر.
وقد كشف البحث في الخريطة الوراثية لمجموعة فرعية من الـ apes والـ monkeys عن أن هذا الريتروفيروس قد اندمج في الخط التناسلي للـ African great apes و الـ Old World Monkeys – ولكنها لم تصب البشر ولا القرود الآسيوية (من أنواع orangutan والـ siamang والـ gibbon). ويقوّض هذا الاكتشاف فكرة أن عملية الإصابة القديمة قد أصابت سلسلة الرئيسيات، نظراً لأن الـ great apes (ومنها البشر) يفترض بها أنها تشترك في سلف مشترك مع الـ Old World Monkeys.
وقد وجد Eichler وزملاءه أكثر من 100 نسخة من الـ PTERV1 في كل أنواع القردة الآسيوية (الشامبانزي والغوريلا) والـ Old World Monkeys (البابون والماكيك). وقد قارن الباحثون بين المواقع التي أصابها الريتروفيروس في كل نوع من أنواع هذه الرئيسيات، ووجدوا أنه لا توجد بالكاد مواقع مشتركة بين الرئيسيات – وبذلك يتضح عدم وجود تتابعات نيوكليوتيدية انحدرت دون تغيير من أي سلف مشترك، وأن كل منها جاء كسمة مميزة لكل نوع.
إذن فالدراسة السابقة تقول بأنها عثرت على ERVs في الشمبانزي والـ Old World Monkeys والقرود الأفريقية ولم تعثر عليها في في البشر أو القردة الآسيوية، رغم أنف العلاقة الفيلوجينية بين هذه الأنواع . ولو كانت كل هذه الأنواع قد انحدرت من سلف مشترك، لكان من الواجب أن تضم جميعها نفس الريرتوفيروسات. فلا يوجد أي معنى إطلاقاً في أن تظل الإصابة موجودة في الـ Old World Monkeys بالإضافة إلى الغوريلا والشمبانزي، وتختفي بهذا الشكل في الأورانجوتان أو البشر!!!!
In a new study, Evan Eichler and colleagues scanned finished chimpanzee genome sequence for endogenous retroviral elements, and found one called (PTERV1) that does not occur in humans.
Searching the genomes of a subset of apes and monkeys revealed that the retrovirus had integrated into the germline of African great apes and Old World monkeys – but didn't infect humans and Asian apes (orangutan, siamang, and gibbon). This undermines the notion that an ancient infection invaded an ancestral primate lineage, since great apes (including humans) share a common ancestor with Old World monkeys.
Eichler and colleagues found over 100 copies of PTERV1 in each African ape (chimp and gorilla) and Old World Monkeys (baboon and macaque) species. The authors compared the sites of viral integration in each of these primates and found that few if any of these insertion sites were shared among primates – It appears therefore that sequences have not been conserved from a common ancestor, but are specific to each lineage.
….
PTERV1 contains three structural genes—gag, pol, and env—and regulatory sequences called long terminal repeats (LTRs). To further explore the evolutionary history of the retroviral elements, the authors compared the sequences of gag and pol, as well as the LTR sequences, for each infected primate species. The sequence history, they discovered, did not comport with the established evolutionary history of the primates themselves. Divergence between macaque and baboon was significantly greater than between gorilla and chimp—even though slightly more evolutionary time separates gorilla and chimp than macaque and baboon.
النتائج التي توصلت إليها دراسة حديثة استخدمت نماذج لاختبار عملية اندماج الـ HERVs (مثل فيروس الـ HIV و فيروس الـ ASLV و فيروس الـ MLV)، وهي أول دراسة تستخدم ريتروفيروس HERV فعلي للوقوف على عشوائية الاندماج من عدمه، وكانت النتيجة أن الريتروفيروس لم يختر الاندماج بشكل عشوائي، بل اختار استهداف الجينات التي في حالة ترجمة transcription نشطة. ويُقدّر بأننا في كل لحظة، نواجه نحو مئتي جين في حالة ترجمة نشطة داخل الخلية، وعليه فمن الواضح أن عملية اندماج الـ HERV-K هي حادثة عالية التخصص، لأنها تستهدف الجينات التي في حالة ترجمة فقط.
أما النتيجة الأكثر إدهاشا، فهي أنه عندما تطلع الباحثون لموقع الـ HERV-K الحالية في الجينوم مقارنة بالمواقع التي تمركز فيها الـ HERV-K قديماً، وجدوا أن المواقع التي اقتحمتها الريتروفيروسات جاءت محصلة عملية تطهير من خلال محو التغيرات المدمرة!!
والسبب في ذلك كما هو قلنا هو أن HERV-K المارة بعملية الترجمة، وهو ما يؤدي بها إلى التسبب في حدوث طفرات في هذه الجينات. والغالبية العظمى من هذه الطفرات طفرات مدمرة، وتؤدي إلى توقف عمل الجين، والسبب في ذلك أن الريتروفيروس قد يدخل في منطقة الـ promoters أو العناصر التنظيمية regulatory للجين؛ وبشكل يعطل هذا الجين ويمنعه من ترجمة نفسه بعد ذلك، أو قد يؤدي لترجمته بشكل مفرط. وقد يدخل الريتروفيروس إلى المنطقة المختصة بالتشفير من الجين بشكل يتسبب في حدوث طفرة بالحذف أو الإضافة "frameshift mutation"، وبشكل ينجم عنه بروتين مختل وظيفياً dysfunctional، وأمثال هذه البروتينات تؤدي إلى موت الخلية. أما في السيناريو التدميري الآخر فيدخل الريتروفيروس بجوار الجينات المشاركة في العملية التنظيمية لدورة الخلية، ومن الأمثلة على ذلك الـ cyclin والـ cyclin-dependent kinase ، والتي تتسبب عند دخولها إلى هذه الجينات إلى إفساد العملية التنظيمية للدورة الخلوية، مؤدية إلى نمو وتناسخ غير محكوم للخلايا، وهذا بالضبط ما يحدث عن الإصابة بالأورام السرطانية. والكثير من الريتروفيروسات التي تدخل في الأجزاء التنظيمية في دورة الخلية (أو في الجينات المثبطة للأورام أو الـ proto- oncogenes) قد تتسبب في حدوث السرطان.
أما السبب الثالث، فهو أنه نظراً لأن هذه الفيروسات تستهدف الجينات المترجمة، فإن البروتينات الفيروسية سوف تترجم على سطح الخلية لتظهرها جزيئات الـ MHC-class I على هيئة شذرات ببتيدية يتولى يفحصها الجهاز المناعي، ونتيجة لذلك فإن الجهاز المناعي، وجزيئاته القاتلة الطبيعية، تقوم بالتعرف على هذه البروتينات باعتبارها ذات أصل فيروسي – لأنها تعرف أنها لا تنتمي لمجموعة الجزيئات التي تنتجها الخلايا - وتقوم بتدمير الخلايا المصابة بالريتروفيروس.
وكل هذه العمليات مجتمعة تؤدي إلى تحديد وتحجيم المواضع التي تتمركز فيها الريتروفيروسات في الجينوم، ويمكن تلخيص هذه العمليات فيما يلي:
1-عمليات الانتقاء المخصصة للمواقع التي تقوم بها الـ HERV-K، عن طريق اختيارها الجينات المنخرطة في عملية ترجمة.
2- موت الخلايا الناجم عن تعرض عملية الترجمة فيها لخلل نتيجة تموضع الريتروفيروسات.
3- موت الخلايا التي تتشكل فيها البروتينات الشاذة غير الطبيعية.
4- موت الخلايا التي تؤدي فيها الريتروفيروسات إلى تفعيل الجينات المسببة للسرطان.
5- موت الخلايا التي يرصد الجهاز المناعي إصابتها بأحد الريتروفيروسات.
ولتوضيح الفكرة السابقة، يمكن تشبيه الريتروفيروسات كجيش يزمع الانتشار عبر كل مداخل المدينة التي يدخلها ، ولكن نظراً للموانع القوية التي ستقوم بمواجهته في أماكن كثيرة، وقوة البطش التي سيتعرض لها في أماكن أخرى، وخنادق في جهة ثالثة، فإن الجيش في النهاية سيضطر لاتخاذ مواقع معينة هي الوحيدة التي تؤمن له أكبر نسبة أمان ممكنة في الدخول.
ونحن نشترك في 98% في جيناتنا مع القرود. وعليه، فإننا نتشارك في 98% من تسلسل القواعد الأمينية. ونظراً لأن إنزيم الـ integrase الخاص بالريتروفيروسات يستهدف تسلسلات معينة من الحمض النووي، فإن الاحتمال يكون أكبر إذن بأن تستهدف نفس الجينات لدى كل من البشر والقرود، وغيرهم من الثدييات.
ولأننا مشتركون مع القرود في معظم العمليات الفسيولوجية والبيولوجية الجزيئية، فإن نفس عملية التطهير purifying selection ستحدث لدى كل من البشر والقرود. ولذلك فإن عمليات الإصابة المنفصلة ستؤدي لتمركز بقايا الـ HERV-K في نفس المواقع (هذا إذا أخذنا بنظرية الإصابة العشوائية) . وبالتالي، فإن هذه الإصابات ليست دالة على وجود "سلف مشترك" كما يزعم التطوريون، فقد يصاب شخصان بنفس الريتروفيروس، وتؤدي آلياته الخاصة بانتقاء الموقع إضافة إلى عملية "التطهير الخلوي" إلى تمركز الكثير من الريتروفيروسات في نفس الأماكن.
هذا طبعاً إذا أخذنا أصلاً بنظرية الإصابة، لأن وجود وظائف تلعبها الـ HERVs يجعلها إما جزءاً من التصميم الأساسي للثدييات، وإما أن الله قد وضعها خصيصاً لكي تؤدي هذه الوظائف المهمة.
هذه معلومات عن الـ ERVs والتي لابد أنها أثقلت كاهل (دوكينز) ودعته للتغاضي عن هذا الدليل بقلب مثقل، وأنا أتوقع أنه لو كان متأكداً من هذا الدليل، لكان قد أورده في صدر كتابه وأفرد له فصلاً كاملاً لوحده !!! . ونتوقع بإذن الله أن يكشف لنا المستقبل القريب جداً (الأعوام الثلاث القادمة) المزيد مما لا نعرفه عن وظائف الـ ERVs وغيرها من الـ "Junk DNA"....
___________
المصدر:
كتابات topoisomer
http://www.sciencedaily.com/releases/20 ... 233630.htm
http://www.pnas.org/content/100/22/12841.full
http://www.physorg.com/news114266805.html
http://www.pnas.org/content/104/47/18613.full
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18535086
http://www.4shared.com/document/bY3kxQk ... trovi.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18535086
http://bioinformatics.oxfordjournals.or ... 24/14/1563
http://www.pnas.org/content/103/39/14390