( محمد الباحث )
02-12-2013, 07:44 AM
https://fbcdn-sphotos-c-a.akamaihd.net/hphotos-ak-prn1/555931_153162441505467_965042456_n.png
عام 2012 ...يسجل السقوط الاخير لاسطورة الجانك دنا ( Junk DNA )
ومعه يسقط مفهوم الحفريات الوراثيه والركام التطورى بالجينوم كدلاله على الاسلاف المشتركه
كنوز مخفيه بالحمض النووى الخرده ..Hidden Treasures in Junk DNA ....
تصدر هذا العنوان مقال تفصيلى نشر بالسيانتيفك اميريكان سبتمبر 2012
http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=hidden-treasures-in-junk-dna
واستهل كاتب المقال بتلك العباره للبروفيسور Ewan Birney المنسق العام لمشروع اينكود ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements),
حيث قال فى مقابلته مع المجله
What was once known as junk DNA turns out to hold hidden treasures,
..
نهاية الاسطوره ...
بدأ مشروع العالمى الضخم اينكود في عام 003 2 لتعيين وتوصيف وظائف الجينوم البشري بأكمله. وذلك امتدادا لمشروع الجينوم البشري.
وعلى الرغم من الجينوم البشري إلى حد كبير كان قد انتهى في شكله النهائي في عام 2004، الا انه لم يحصر الا المناطق الجيينيه المكوده لانتاج بروتين التي تضم أقل من 5 % فقط من إجمالي تسلسل الحمض النووي
. وكانت العقيده لدى علماء الأحياء وفقا للمعرفه المعهوده لعقود ان هذه المساحات الشاسعه من الجينوم التى تتعدى نسبه 95% على اقصى تقدير من محتوى الحمض النووى DNA هى مجرد خرده وركام تطورى لا فائده منه لانها لا تكود مباشرة الى بروتينات وصفات وراثيه مباشره
يقول <M. جورج> [عالم الوراثة في جامعة لييج ببلجيكا]: «عندما يقول الناس عادة إن الجينوم البشري يحتوي على 27 ألف جينة أو نحو ذلك، فإنهم يشيرون بذلك إلى الجينات التي تكود للپروتينات.» ومع أن هذا الرقم مازال غير نهائي ـ إذ تراوح التقديرات ما بين 20 و40 ألف جينة ـ فإنه يؤكد عدم وجود توافق واضح بين تعقد بنية النوع وبين عدد الجينات في جينومه. وكما يلاحظ <S .J. ماتيك> [مدير معهد العلوم الحيوية الجزيئية في جامعة كوينزلاند في برِسْبان بأستراليا]: «إن لذبابة الفاكهة عددًا من الجينات المكوِّدة، يقل عما للدودة الخيطية (المدوَّرة)، ولنبات الأرُزّ عدد يفوق ما للإنسان. ولكن كمية الدنا غير المكوِّدة تتوافق على ما يبدو مع تعقد البنية.»
ويوضح <ماتيك> [مدير معهد العلوم الحيوية الجزيئية في جامعة كوينزلاند في برِسْبان بأستراليا أن الجينات في الكائنات الحية الراقية (كالإنسان) «تكون مجزأة (مشدفة) إلى قطع من التسلسلات المكوِّدة للپروتينات، يفصل بعضها عن بعض مَدات طويلة غالبًا من التسلسلات غير المكودة للپروتينات. وفي الواقع، فإن القطع المكودة للپروتينات، تشكل أقل من 2 في المئة من دنا صبغيات الإنسان. إن البلايين الثلاثة، أو نحو ذلك، من أزواج (أشفاع) القواعد التي تحويها كل خلية تقريبًا من خلايانا إنما موجودة لسبب آخر. ومع هذا فإن الإنترونات ضمن الجينات، والامتدادات الطويلة من الدنا بين الجيني intergenic DNA ـ كما يقول <ماتيك>
ـ «اعتبرت على الفور(خردة تطورية) وكانت نظره متعجله وسابقه لاى فحص موضوعى .»
كان ذلك الافتراض متعجلاً جدًا. وكما يلاحظ <جورج>، «فإن إدراكنا يتزايد بأن هنالك مجموعة كبيرة من «الجينات» التي تؤدي وظيفة لا شك فيها، على الرغم من أنها لا تكود لأي پروتين، بل تنتج الرنا فقط.» لقد عُرِّف تعبير «الجينة» باستمرار على نحو غير دقيق بعض الشيء، وأتى مصطلح «الجينات التي تنتج الرنا فقط» RNA-only genes ليشوش المعنى أكثر فأكثر. وكما يقول <C. ڤالِشْتت> [من معهد كارولينسكا في السويد]، «فإننا ننزع، بغية تجنب الارتباك، إلى عدم التحدث بعد الآن عن «الجينات»، بل نشير إلى أي قطعة تُنتسخ [إلى رنا] على أنها وحدة انتساخية.»
لكن العديد من الدراسات المبكرة ناقضت هذه الفكرة وأظهرت أن الحمض النووى الغير مكود لانتاج برويتينات لعب دورا وراثيا رئيسا وحطمت تلك العقيده التى دامت لعقود ولا زالت متداوله الى الان بين كثيرا من البيولوجين حتى ان التطوريين استخدموا اصطلاحات الجينات الخرده Junk DNA كدلاله حتميه على اسلاف مشتركه باعتبارها حفريات وراثيه بالجينوم وظل ذلك المفهوم متداولا بين التطورين رغما عن تلك الدراسات التى توالت تباعا لتوضح وظائف ومهام وراثيه للجانك دنا حتى الان وكانت حجتهم الواهيه التى تنأى عن جبين المنهجيه العلميه هى انه ليس معنى اكتشاف وظائف لبعض تلك الاجزاء ضرورى بان تكون كلها ذات وظيفه وكانت حجتهم الوحيده هى الجهل بوظيفتها رغم توالى الدراسات والابحاث التى تثبت عكس الادعاء ولكن حتى تلك الحجه لم تعد صالحه فخلال الاعوام القليله الماضيه ازدحمت صفحات المجلات العلمية وقاعات المؤتمرات بأدلة جديدة تتناقض والمفاهيم المعهودة التي ترى أن الجينات، تلك القطع من الدنا التي تكود للپروتينات، هي الأساس الوحيد للوراثة وأنها المخطَّط الأساسي (الطبعة الزرقاء) blueprint لجميع أشكال الحياة. وتساقطت تلك المساحات الشاسعه تدريجيا من مفهوم الجانك دنا او الجينوم الخرده الغير وظيفى والركام الى ان انتهت كليا تلك الاسطوره بحلول العام 2012 حيث خلصت الابحاث الجماعيه بفرق البحث العالميه بمشروع اينكود الى التاكيد على فاعلية كل الجينوم وظيفيا
ورغم انتقاد By W. Wayt Gibbs فى مقاله بالسينتافيك اميريكان عدد نوفمبر 2003 تلك العقيده الغير مبرره ووصفها بالعقيده ( الدوجمه dogma ( التى رسخت للاعتقاد بان الجينات المكوده فقط والتى لا تتعدى نسبتها 5% من محتوى الجينوم هى المسئول الوحيد عن الصفات الوراثيه ونشر Mattick, John S. دراسات بعنوان تحدى ( العقيده ) (الدوجمه) توضح فاعلية طبقه اخرى من المورثات تحملها الرونات RNAs
كانت العقيده البيولوجيه التى دامت لعقود تنص على أن الجينات تعبِّر عن نفسها كپروتينات، تُصنع عبر أربع خطوات:
يستقر أولا إنزيم على الصبغي، ثم ينزلق على طول الجينة، ناسخًا تسلسل إحدى شريطتي الدنا إلى شريطة أحادية من الرنا.
في الخطوة الثانية، تُقص أيُّ إنترونات introns (الأجزاء غير المكوِّدة من نسخة الرنا)، وتُجدَّل شدفُ التسلسل المتبقية لتشكل قطعة من الرنا المرسال mRNA.
ثم تتحرك عندئذ رسالة الرنا من النواة إلى الجزء الرئيسي من الخلية، حيث تقوم ماكينات جزيئية بترجمته إلى سلاسل من الاحماض الأمينية
. وأخيرا، تلتوي كل سلسلة وتنثني لتأخذ شكلا معقدا ثلاثي الأبعاد.
ثم ....
هذه الأشكال الثلاثية الأبعاد هي التي تجعل الپروتينات على تلك الدرجة الاستثنائية من التنوع وتعدد الاستعمالات. فبعضها يشكل عضلات وأعضاء، وبعضها يعمل كإنزيماتٍ تحفز أو تستقلب أو تؤشر كما أن بعضها ينظم عمل الجينات من خلال رُسُوِّها في مقرات نوعية من الدنا أو الرنا. فلا عجب إذا، أن كثيرًا من البيولوجيين استعمل تلك العقيده التى تقول بان تسلسلاً معينًا من الدنا لا يمكن اعتباره جينة إلا إذا كان باستطاعته أن ينتج پروتينا.
ساد الاعتقاد السابق بان الجينات هي تلك القطاعات من الدنا التي تكود لپروتينات وظيفية، ولكن هذه التسلسلات تشكل فقط 5%من الجينوم البشري. إن بقية جينوم الإنسان مليئة بدنا «غير مكوِّد»، ولكنه ليس عديم الجدوى. حيث توالت الابحاث تباعا باكتشاف جينات كثيرة غير مكودة، تنشئ أنواعًا من الرنا ذات فاعلية مدهشة، بما في ذلك ضروب بوسعها إسكات الجينات المعهودة أو تنظيم عملها.
ويعلق <ماتيك>
«أعتقد أن هذا سيصبح قصة كلاسيكية توضح كيف أدى معتقد قديم إلى إخراج التحليل الموضوعي للحقائق عن مساره الصحيح ، وهو أمر دام ربع قرن.
إن الإخفاق في تعرَّف المضامين العميقة لهذا الأمر ـ وبخاصة حقيقة أن التسلسلات المتداخلة غير المكودة، يمكن أن تَنقل معلومات موازية في صورة جزيئات رنا ـوهذا قد يسجل على أنه واحد من أكبر الأخطاء التي حدثت في تاريخ البيولوجيا الجزيئية.»
اذن .... كيف تحطمت العقيده وما اللذى يحدد مورثاتنا وصفاتنا ؟
هناك طبقتين من المعلومات الوراثيه مخبئه فى الجينوم اطلق عليها العلماء الكنز الغير مرئى بخلاف الجينات التى تكود لبروتين
. الطبقة الأولى من المعلومات، تتألف من عدد لا يحصى من جينات لا تنتج إلا الرنا RNA-only genes، توجد معزولة ضمن امتدادات stretches شاسعة من الدنا غير المكوِّد. كان العلماء قد أهملوا مثل هذا الدنا باعتباره حطاما عديم الجدوى نتج من عملية التطور؛ ذلك لأنه لا ينتج پروتينات. لكن ظهر أن هذه الجينات غير التقليدية تنتج بالفعل رناوات ناشطة، يمكن من خلالها تعديل سلوك الجينات السوية تعديلا بالغا. ومن الممكن أن يؤدي وجود خلل في جينات الرنا فقط (الجينات التي لا تنتج إلا الرنا) إلى إحداث أضرار وخيمة. فإن كثرة من هذه القطع حُفظت سليمة تقريبًا عبر ملايين السنين من التاريخ التطورى المزعوم يقف حائلا وعقبه كئود فى افتراضهم بحيادية الانتخاب فى المناطق الغير وظيفيه من الجينوم حيث لا يوجد اى ضغط انتقائى للحفاظ عليها لكونها بلا وظيفه مما يجعل الطفرات تتوالى عليها وتغير معالمها عبر التاريخ التطورى وتشمل هذه الطبقه الانترونات والترانسبوزونات والجينات االخادعه وغيرها من المناطق التى لا تكود لبروتينات والتى تمثل فى مجملها مساحات هائله فى الجينوم تتعدى نسبته 95% فى الانسان
الطبقه الثانيه والتى تزيد اهميه هى المعلومات اللاجينية epigenetic layer المختزنة في الپروتينات والكيماويات التي تحيط بالدنا وتلتصق به. وقد أطلق عليها عَلامات لاجينية epigenetic marks، ذلك أنها تؤثر بشكل كبير في صحة الكائن وخصائصه ـ حتى إن بعضها ينتقل من الوالدين إلى الطفل ـ وهي مع ذلك لا تُحْدث تغييرا في تسلسل الدنا المعني.
كيف يمكن ان تعبر تلك الطبقات من الجينوم الغير مرئى على صفاتنا ؟
يمكن أن تنشأ فروق كبيرة في المظهر الخارجي وفي صحة الكائنات الحية نتيجة تغيرات ضئيلة تحدث في جينات بالغة الصغر وغير معهودة. فمثلا، لنبات أرابيدوپسس Arabidopsis السوي أوراق ملعقية الشكل (اليسار). ولكن عندما تدخّل العلماء في نشاط رنا ميكروي تنتجه جينة رنا فقط RNA-only gene، فإن نباتات أرابيدوپسس الطافرة أصيبت بعيوب جسيمة (اليمين). إن الرنا الميكروي يتحكم على ما يبدو في مستويات نشاط جينات عديدة.
غير أنه ليس بوسع الجينات الكاذبة ولا أنواع الرنا المضادة الدلالة أن تفسر تشكل الأوراق الجَعِدة، التي شاهدها في صيف 2003 <D. ڤايگل> ومساعدوه [من معهد «ماكس پلانك» لبيولوجيا التنامي في توبنگن بألمانيا] في نبات أرابيدوپْسِس Arabidopsis. إن هذه الأعشاب (التي تنتمي إلى الفصيلة الصليبية) تتميز عادة بأوراقها الملساء الملعقية الشكل. ولقد بينت مجموعة <ڤايگل> في مجلة نيتشر Nature (في الشهر 8/2003) أن المنحنيات المتناسقة الوئيدة التي تميز أجزاء النبات إنما ترجع ولو جزئيًا إلى نوع فعال من الرنا، يسمى الرنا الميكروي microRNA. ويتضح ذلك الفرق المظهرى بالصوره التاليه
http://www.mindfully.org/GE/2003/Junk-GenomeNov03f2.GIF
هذه الفئران بالصوره التاليه هي فعلاً مستنسخات ـ رفاق الولدة (البطن الواحد) ـ منحدرة من سلالة عالية النقاوة دام استيلادها داخليا inbred، وتتشارك كلها في دنًا واحد. ومع هذا، فإن ألوان شعرها تنتمي إلى طيف يتراوح بين الأصفر الذهبي والبني وذلك بسبب الاختلافات في الارتباطات الكيميائية «اللاجينية» التي يبديها كل منها مع قطعة بعينها من الدنا، تقع خارج أي جينة معروفة. إن ألوان شعر هذه الفئران لا يمكن التنبؤ بها من خلال النظريات الوراثية الحالية.
http://www.mindfully.org/GE/2003/Junk-GenomeNov03f4.jpg
http://www.mindfully.org/GE/2003/Junk-GenomeNov03.htm (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.mindfully.org%2FGE%2F2003 %2FJunk-GenomeNov03.htm&h=rAQHYjm3-&s=1)
http://tamar.tau.ac.il/~eshel/EBJG/Paper_for_site/Micro-RNA-genome.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Ftamar.tau.ac.il%2F%7Eeshel%2F EBJG%2FPaper_for_site%2FMicro-RNA-genome.pdf&h=MAQFY3Vhc&s=1)
http://espace.library.uq.edu.au/view/UQ:66215 (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fespace.library.uq.edu.au%2Fvi ew%2FUQ%3A66215&h=vAQG3E_c7&s=1)
http://www.imb.uq.edu.au/download/large/TheUnseenGenome.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.imb.uq.edu.au%2Fdownload% 2Flarge%2FTheUnseenGenome.pdf&h=pAQHPHRe1&s=1)
http://phy.ntnu.edu.tw/~cchen/class/scitran/genome1.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fphy.ntnu.edu.tw%2F%7Ecchen%2F class%2Fscitran%2Fgenome1.pdf&h=5AQGDbju_&s=1)
//www.scientificamerican.com/article.cfm?id=the-hidden-genetic-progra (http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=the-hidden-genetic-progra)
وأخذ الباحثون يدركون أيضًا أن أي شيء قابل للحدوث في الجينوم إنما يحدث بالفعل، كما يقول <C. ساپينزا> [من جامعة تمپل] (الذي بدأ بدراسة الظواهر اللاجينية في الوقت الذي استَبْعدها بعضهم على أنها ظواهر ثانوية شاذة).
<ساپينزا....... «أنه قد تكون هناك آليات أساسية تنتظر الاكتشاف. أعتقد أننا في مستهل الحقبة الأكثر أهمية في تاريخ علم الوراثة.»
مما سبق اوضحنا انواع الطبقات الاخرى المتحكمه بصفات الكائنات الحيه ولازال التطوريون يرددون رغم ذلك مصطلح الجانك دنا والركام التطورى والاحافير الجينوميه المتراميه باهمال وتكدس بين طيات الجينوم لكن اتت نتائج مشروع اينكود لتقضى على اخر حجه لديهم بعدم فاعلية كل محتوى الجانك وظيفيا
ما الذى اكتشفته اينكود؟
اكدت النتائج التى خلص اليها فريق البحث الضخم وظيفية نحو 80% من محتوى الجانك
http://en.wikipedia.org/wiki/ENCODE (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FENC ODE&h=hAQEPoBoy&s=1)
http://www.nature.com/nature/journal/v489/n7414/full/nature11247.html (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.nature.com%2Fnature%2Fjou rnal%2Fv489%2Fn7414%2Ffull%2Fnature11247.html&h=FAQErOzs9&s=1)
وماذا عن 20 % المتبقيه ؟
يقول Birney، منسق المشروع
"من المرجح أن 80 في المئة سوف تذهب الى 100 في المئة" و "ليس لدينا حقا أي أجزاء كبيرة من الحمض النووي زائدة عن الحاجة. هذا التشبيه من غير المرغوب فيه ليست مفيدة.
ثم يؤكد تلك النتيجه مره اخرى برده على السؤال اللذى وجهه له محرر سينتيفيك اميريكان حين ساله
هل ينبغي علينا أن يتقاعد الآن مفهوم 'DNA خردة" ؟
"ورد Birney:" نعم، أعتقد حقا هذه العبارة تحتاج إلى شطب تماما من القاموس.
http://blogs.discovermagazine.com/notrocketscience/2012/09/05/encode-the-rough-guide-to-the-human-genome/#.URkuJvKRQvs (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fblogs.discovermagazine.com%2F notrocketscience%2F2012%2F09%2F05%2Fencode-the-rough-guide-to-the-human-genome%2F%23.URkuJvKRQvs&h=gAQGT9prw&s=1)
http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=hidden-treasures-in-junk-dna (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.scientificamerican.com%2F article.cfm%3Fid%3Dhidden-treasures-in-junk-dna&h=JAQFEnYZM&s=1)
http://www.icr.org/article/7074/&usg=ALkJrhjNNTXK_uRsxiLsoY1pd1fouY_3UA/ (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.icr.org%2Farticle%2F7074% 2F%26usg%3DALkJrhjNNTXK_uRsxiLsoY1pd1fouY_3UA%2F&h=uAQEjVwap&s=1)
واخيرا ما الذى يعنيه ذلك للتطور ؟
اولا كون هذه المناطق قائمه لوظيفيه فعليه ينفى عنها الاعتبار التطورى بكونها ركام وحفريات جينيه موروثه
ثانيا اعتماد المقارنات الجينوميه التى اجريت على المناطق الجينيه المكوده للبروتين والتى لا تتعدى نسبة 5% والتى حتى لم تنل الا مقارنات منحازه ومنتقاه باليد لبعض المناطق الجينيه المتماثله يعنى ببساطه عدم فاعلية النتائج المعتدمه عليها فى قضية التماثل الجينى بين الانواع فى ضوء متاهة الجينوم اللامرئى المتمثل فى المناطق الشاسعه من الجينوم الغير مكود للبروتين اللذى يمثل اغلب الجينوم للكائنات الحيه والتى تجاهلها التطوريون واسقطوها من حساباتهم
ثالثا وجود دراسات اجريت بمعرفة التطوريين انفسهم على بعض المناطق الغير مكوده بالجينوم تعطى نتائج لا تدعم بالمطلق شجرة القرابه الفليوجينيه
حيث اظهرت الدراسات التى اجريت بمعرفة فريق البحث جورجيا للتكنولوجيا باشراف أستاذ علم الأحياء جون ماكدونالد بان هناك كم كبير من المناطق الجينومية "الثغرات" في المناطق المتاخمة للجينات التي يمكن أن تؤثر على مدى "تشغيل" و "إيقاف". الجينات المكوده ويظهر البحث أن هذه الجينومية "الثغرات" بين هذين النوعين هي في الغالب بسبب الإدراج أو الحذف (INDEL) فى تسلسل retrotransposons وهى احدى المناطق الجينوميه الغير مكوده والتى كانت تعتبر بلا وظيفه والتى تشمل ما يقرب من نصف الجينوم من كل الأنواع. وجدت الدراسه اختلافات شاسعه بين الانسان والشامبنزى فى التعبير فى محتوى الحمض النووى التنظيمى فى تلك المناطق الهائله من الجينوم والتى تتعدى نصفه مما يجعل من فرضية التماثل القائمه مسبقا بمقارنة الجينات المكوده نتائج عبثيه وتجعل الهوه تتزايد
http://www.mobilednajournal.com/content/2/1/13 (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.mobilednajournal.com%2Fco ntent%2F2%2F1%2F13&h=RAQFkbFJE&s=1)
وفقا للتطوريين فأن البشر و الشمبانزي يشتركان في سلف مشترك منذ ستة ملايين سنة مضت. ثم يفترض ان الإنسان الحديث تباين من سلف (لم يحدد بعد).من 2مليون سنة مضت الفرق يساوي أربعة ملايين سنة.
علاوة على ذلك، 98 في المئة من الجينوم البشري بنسبة 2.9 مليار زوج قاعدة DNA، وهي تعادل تقريبا DNA التنظيمي، يساوي أزواج قاعدة 2.8 بليون قاعده . وعليه ،يتطلب الاعتقاد بأن الانسان بصورته الحاليه ظهر بعد تطور 2800000000 قواعد DNA وضعت بدقة يبدو بطريقة أو بأخرى، وأكثر من ذلك اختفاء DNA التنظيمية من الشمامبنزى ،فى أربعة مليون سنة، على الرغم من التجارب العمليه والمشاهدات لم ترصد هذا النوع من ظهور DNA والاختفاء في اليوم الجينوم.
ليس هذا فحسب بل كانت نتائج مخيبه لامال التطوريين فى الدراسات التى اجراها التطورييون انفسهم
دراسة أجريت عام 2007 نشرت في مجلة العلوم من قبل بوتنام واخرون. على الجينوم المثير للاهتمام لشقائق البحر .في هذه الورقة البحثية دون الكاتب ان المظهر العام لجينوم لشقائق النعمان البحرية هذه هو شبيه الى حد كبير بجينوم الانسان ......!!!!
"واحدة من المفاجآت الكبيرة لجينوم شقائق النعمان، يقول سوالا، هو اكتشاف كتل من الحمض النووي التي لديها نفس جينات التكملة كما في الجينوم البشري. الجينات الفردية قد تبادلت الأماكن، ولكنها غالبا ما ظلت مرتبطة معا على الرغم من مئات الملايين من السنين من التطور ... وعلاوة على ذلك، تبدو جينات شقائق النعمان شبيهة بالفقريات وهي غالبا ما تكون مليئة بمناطق الانترونات التى لا تشفر
، وظهرت تلك المناطق أقل شيوعا بكثير في الديدان الخيطية وذبابة الفاكهة عنها في الفقاريات من. وأكثر من 80٪ من الإنترونات في شقائق النعمان في نفس الأماكن في جينوم البشر .
.
فينيرتي وطالب الدراسات العليا سوليفان جيمس بدا أيضا في النظر الى جينوم شقائق النعمان ل283من الجينات البشرية المشاركة في مجموعة واسعة من الأمراض. وقالوا في عدد يوليو من الخريطة الوراثية البشرية انهم وجدوا 226 متماثله . وعلاوة على ذلك فان جين سرطان الثدي هو نفسه بين الانسان وشقائق النعمان عنه في الانسان والديدان الشريطية او ذبابة الفاكهة
كما ذكر أعلاه، فإن هذه الورقة تدعم فكرة أن الجينات الاساسيه داخل الجينوم ماهى الا لبنات بسيطة جدا والتي يمكن أن تستخدم لبناء العديد من أنواع مختلفة من المخلوقات - من البشر إلى شقائق النعمان للنباتات والفطريات، وحتى واحد خلايا الكائنات الحية مثل الهدبيات .
وباختصار يمكن القول بانه ليست المناطق المشفرة للبروتين هي المسؤولة عن الصفات الظاهرية للكائن الحي بل ان المعلومات اللازمة لتركيب وتجميع الكائن الحي موجودة في المناطق غير المشفرة. اذ انه يمكن استخدام اللبنات الاساسية كالطوب لبناء غرفة واحدة او بناء ناطحة سحاب كل ما نحتاج له هو مخططات مختلفة لتوجيه تلك اللبنات .
ورقة بوتنام ايضا تعارض الفكرة القائلة بانه ممكن ان نرسم اشجار وراثية بناء على اسس جينية شكلية بصورة مستمرة . ولكن بعد كل هذا يظهر ان شقائق النعمان تمتلك تجانس في الجينوم مع الانسان لا تظهره مع ذبابة الفاكهة او الديديان الشريطية فكيف يمكن تبرير هذا بالمنطق التطورى ؟
في الواقع ان الاحتجاج بان هذه الجينات قد ضاعت من قبل بعض الانواع واحتفظ بها في انواع اخرى على مدى بلايين السنين يبدو غير منطقيا البتة ). هذا تفسير حتمى ومنطقى
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17615350 (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpubmed %2F17615350&h=NAQEhUi5A&s=1)
و في مايو من عام 2004 م قام هاوسلر وبوجيرانو بمقارنة جينومات كل من الانسان والفار والجرذ باستخدام الكمبيوتر ,
لقد كانوا يتوقعون بما انه الانسان والفار الجرذ مختلفين عن بعضهم كثيرا فانهم سيجدون اختلافا جينيا كبيرا .لقد وجدوا هذه الاختلافات المتوقعة في الجينات التي يتوقع انها موروثة من السلف المشترك الا ان المفاجئة انهم وجدواامتدادات طويلة من من الحمض النوويغير المشفر والتي تتطابق تماما بين الانسان والقوارض
"كان هناك حوالي خمسمائة امتداد من الحمض النووي في الجينوم البشري التي لم تتغير على الاطلاق في الملايين والملايين من السنين التي تفصل الإنسان عن الفئران والجرذان" حسب التاريخ التطورى المفترض ،
يقول هاوسلر. "أنني على وشك الوقوع من كرسيي . انها مسالة غير عادية جدا أن يكون مثل هذاالمحتوى من الحفظ باستمرار على امتداد هذه الفترة الطويلة من الحمض النووي
http://news.bbc.co.uk/2/hi/science/nature/3703935.stm (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fnews.bbc.co.uk%2F2%2Fhi%2Fsci ence%2Fnature%2F3703935.stm&h=nAQHq3rLT&s=1)
والنتيجه الحتميه التى تواجهه التطوريين بعد اعادة صياغة الاعتقاد البيولوجى فى النظره الى الجينوم وتعبيره هى السقوط من اعلى لكل احلامهم وتهاوى القلاع الرمليه خاصتهم بخصوص شجرة القرابه الجينيه بفعل امواج متتاليه من الاكتشافات الحديثه
وسنقوم تباعا باسقاطات اكثر عمقا على مسائل متعلقه بالمقارنات الجينوميه باذن الله
حصر المصادر للتفصيل والاستزاده
http://www.imb.uq.edu.au/download/large/TheUnseenGenome.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.imb.uq.edu.au%2Fdownload% 2Flarge%2FTheUnseenGenome.pdf&h=nAQHq3rLT&s=1)
http://phy.ntnu.edu.tw/~cchen/class/scitran/genome1.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fphy.ntnu.edu.tw%2F%7Ecchen%2F class%2Fscitran%2Fgenome1.pdf&h=qAQEQ-fEd&s=1)
http://translate.google.com.eg/translate?hl=ar&sl=en&u=http%3A%2F%2Fwww.icr.org%2Farticle%2F5489%2F372% 2F&prev=%2Fsearch%3Fq%3Dhttp%3A%2F%2Fwww.icr.org%2Far ticle%2F5489%2F372%2F%26tbo%3Dd%26biw%3D1366%26bih %3D587&sa=X&ei=eRQVUbu-OdHIswaXpYDADA&ved=0CDEQ7gEwAA (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Ftranslate.google.com.eg%2Ftra nslate%3Fhl%3Dar%26sl%3Den%26u%3Dhttp%253A%252F%25 2Fwww.icr.org%252Farticle%252F5489%252F372%252F%26 prev%3D%252Fsearch%253Fq%253Dhttp%253A%252F%252Fww w.icr.org%252Farticle%252F5489%252F372%252F%2526tb o%253Dd%2526biw%253D1366%2526bih%253D587%26sa%3DX% 26ei%3DeRQVUbu-OdHIswaXpYDADA%26ved%3D0CDEQ7gEwAA&h=zAQFW1tQl&s=1)
http://translate.googleusercontent.com/translate_c?depth=1&ei=eRQVUbu-OdHIswaXpYDADA&hl=ar&prev=%2Fsearch%3Fq%3Dhttp%3A%2F%2Fwww.icr.org%2Far ticle%2F5489%2F372%2F%26tbo%3Dd%26biw%3D1366%26bih %3D587&rurl=translate.google.com.eg&sl=en&u=http%3A%2F%2Fwww.icr.org%2Farticle%2F7074%2F&usg=ALkJrhhigYbHVllm_l_ngGjxvkWJt0y_4A (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Ftranslate.googleusercontent.c om%2Ftranslate_c%3Fdepth%3D1%26ei%3DeRQVUbu-OdHIswaXpYDADA%26hl%3Dar%26prev%3D%252Fsearch%253F q%253Dhttp%253A%252F%252Fwww.icr.org%252Farticle%2 52F5489%252F372%252F%2526tbo%253Dd%2526biw%253D136 6%2526bih%253D587%26rurl%3Dtranslate.google.com.eg %26sl%3Den%26u%3Dhttp%253A%252F%252Fwww.icr.org%25 2Farticle%252F7074%252F%26usg%3DALkJrhhigYbHVllm_l _ngGjxvkWJt0y_4A&h=wAQEPnowy&s=1)
http://espace.library.uq.edu.au/view/UQ:66215 (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fespace.library.uq.edu.au%2Fvi ew%2FUQ%3A66215&h=nAQHq3rLT&s=1)
http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=hidden-treasures-in-junk-dna (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.scientificamerican.com%2F article.cfm%3Fid%3Dhidden-treasures-in-junk-dna&h=OAQH2GSP4&s=1)
http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=the-unseen-genome-gems-am (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.scientificamerican.com%2F article.cfm%3Fid%3Dthe-unseen-genome-gems-am&h=aAQEbwdPj&s=1)
http://www.idi.ntnu.no/grupper/su/publ/phd/drphil-snove-05.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.idi.ntnu.no%2Fgrupper%2Fs u%2Fpubl%2Fphd%2Fdrphil-snove-05.pdf&h=VAQEZRFsG&s=1)
http://tamar.tau.ac.il/~eshel/EBJG/Paper_for_site/Micro-RNA-genome.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Ftamar.tau.ac.il%2F%7Eeshel%2F EBJG%2FPaper_for_site%2FMicro-RNA-genome.pdf&h=xAQEyjeUH&s=1)
http://www.nature.com/nrg/journal/v2/n12/full/nrg1201-919a.html (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.nature.com%2Fnrg%2Fjourna l%2Fv2%2Fn12%2Ffull%2Fnrg1201-919a.html&h=aAQEbwdPj&s=1)
http://www.mendeley.com/catalog/controlling-double-helix/ (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.mendeley.com%2Fcatalog%2F controlling-double-helix%2F&h=fAQGKzblP&s=1)
اعداد وتقديم
نظرية التطور وحقيقة الخلق .Creation& evolution
http://www.facebook.com/CreationVsEvolutionHqyqtAlkhlqWnzrytAlttwr?ref=hl
عام 2012 ...يسجل السقوط الاخير لاسطورة الجانك دنا ( Junk DNA )
ومعه يسقط مفهوم الحفريات الوراثيه والركام التطورى بالجينوم كدلاله على الاسلاف المشتركه
كنوز مخفيه بالحمض النووى الخرده ..Hidden Treasures in Junk DNA ....
تصدر هذا العنوان مقال تفصيلى نشر بالسيانتيفك اميريكان سبتمبر 2012
http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=hidden-treasures-in-junk-dna
واستهل كاتب المقال بتلك العباره للبروفيسور Ewan Birney المنسق العام لمشروع اينكود ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements),
حيث قال فى مقابلته مع المجله
What was once known as junk DNA turns out to hold hidden treasures,
..
نهاية الاسطوره ...
بدأ مشروع العالمى الضخم اينكود في عام 003 2 لتعيين وتوصيف وظائف الجينوم البشري بأكمله. وذلك امتدادا لمشروع الجينوم البشري.
وعلى الرغم من الجينوم البشري إلى حد كبير كان قد انتهى في شكله النهائي في عام 2004، الا انه لم يحصر الا المناطق الجيينيه المكوده لانتاج بروتين التي تضم أقل من 5 % فقط من إجمالي تسلسل الحمض النووي
. وكانت العقيده لدى علماء الأحياء وفقا للمعرفه المعهوده لعقود ان هذه المساحات الشاسعه من الجينوم التى تتعدى نسبه 95% على اقصى تقدير من محتوى الحمض النووى DNA هى مجرد خرده وركام تطورى لا فائده منه لانها لا تكود مباشرة الى بروتينات وصفات وراثيه مباشره
يقول <M. جورج> [عالم الوراثة في جامعة لييج ببلجيكا]: «عندما يقول الناس عادة إن الجينوم البشري يحتوي على 27 ألف جينة أو نحو ذلك، فإنهم يشيرون بذلك إلى الجينات التي تكود للپروتينات.» ومع أن هذا الرقم مازال غير نهائي ـ إذ تراوح التقديرات ما بين 20 و40 ألف جينة ـ فإنه يؤكد عدم وجود توافق واضح بين تعقد بنية النوع وبين عدد الجينات في جينومه. وكما يلاحظ <S .J. ماتيك> [مدير معهد العلوم الحيوية الجزيئية في جامعة كوينزلاند في برِسْبان بأستراليا]: «إن لذبابة الفاكهة عددًا من الجينات المكوِّدة، يقل عما للدودة الخيطية (المدوَّرة)، ولنبات الأرُزّ عدد يفوق ما للإنسان. ولكن كمية الدنا غير المكوِّدة تتوافق على ما يبدو مع تعقد البنية.»
ويوضح <ماتيك> [مدير معهد العلوم الحيوية الجزيئية في جامعة كوينزلاند في برِسْبان بأستراليا أن الجينات في الكائنات الحية الراقية (كالإنسان) «تكون مجزأة (مشدفة) إلى قطع من التسلسلات المكوِّدة للپروتينات، يفصل بعضها عن بعض مَدات طويلة غالبًا من التسلسلات غير المكودة للپروتينات. وفي الواقع، فإن القطع المكودة للپروتينات، تشكل أقل من 2 في المئة من دنا صبغيات الإنسان. إن البلايين الثلاثة، أو نحو ذلك، من أزواج (أشفاع) القواعد التي تحويها كل خلية تقريبًا من خلايانا إنما موجودة لسبب آخر. ومع هذا فإن الإنترونات ضمن الجينات، والامتدادات الطويلة من الدنا بين الجيني intergenic DNA ـ كما يقول <ماتيك>
ـ «اعتبرت على الفور(خردة تطورية) وكانت نظره متعجله وسابقه لاى فحص موضوعى .»
كان ذلك الافتراض متعجلاً جدًا. وكما يلاحظ <جورج>، «فإن إدراكنا يتزايد بأن هنالك مجموعة كبيرة من «الجينات» التي تؤدي وظيفة لا شك فيها، على الرغم من أنها لا تكود لأي پروتين، بل تنتج الرنا فقط.» لقد عُرِّف تعبير «الجينة» باستمرار على نحو غير دقيق بعض الشيء، وأتى مصطلح «الجينات التي تنتج الرنا فقط» RNA-only genes ليشوش المعنى أكثر فأكثر. وكما يقول <C. ڤالِشْتت> [من معهد كارولينسكا في السويد]، «فإننا ننزع، بغية تجنب الارتباك، إلى عدم التحدث بعد الآن عن «الجينات»، بل نشير إلى أي قطعة تُنتسخ [إلى رنا] على أنها وحدة انتساخية.»
لكن العديد من الدراسات المبكرة ناقضت هذه الفكرة وأظهرت أن الحمض النووى الغير مكود لانتاج برويتينات لعب دورا وراثيا رئيسا وحطمت تلك العقيده التى دامت لعقود ولا زالت متداوله الى الان بين كثيرا من البيولوجين حتى ان التطوريين استخدموا اصطلاحات الجينات الخرده Junk DNA كدلاله حتميه على اسلاف مشتركه باعتبارها حفريات وراثيه بالجينوم وظل ذلك المفهوم متداولا بين التطورين رغما عن تلك الدراسات التى توالت تباعا لتوضح وظائف ومهام وراثيه للجانك دنا حتى الان وكانت حجتهم الواهيه التى تنأى عن جبين المنهجيه العلميه هى انه ليس معنى اكتشاف وظائف لبعض تلك الاجزاء ضرورى بان تكون كلها ذات وظيفه وكانت حجتهم الوحيده هى الجهل بوظيفتها رغم توالى الدراسات والابحاث التى تثبت عكس الادعاء ولكن حتى تلك الحجه لم تعد صالحه فخلال الاعوام القليله الماضيه ازدحمت صفحات المجلات العلمية وقاعات المؤتمرات بأدلة جديدة تتناقض والمفاهيم المعهودة التي ترى أن الجينات، تلك القطع من الدنا التي تكود للپروتينات، هي الأساس الوحيد للوراثة وأنها المخطَّط الأساسي (الطبعة الزرقاء) blueprint لجميع أشكال الحياة. وتساقطت تلك المساحات الشاسعه تدريجيا من مفهوم الجانك دنا او الجينوم الخرده الغير وظيفى والركام الى ان انتهت كليا تلك الاسطوره بحلول العام 2012 حيث خلصت الابحاث الجماعيه بفرق البحث العالميه بمشروع اينكود الى التاكيد على فاعلية كل الجينوم وظيفيا
ورغم انتقاد By W. Wayt Gibbs فى مقاله بالسينتافيك اميريكان عدد نوفمبر 2003 تلك العقيده الغير مبرره ووصفها بالعقيده ( الدوجمه dogma ( التى رسخت للاعتقاد بان الجينات المكوده فقط والتى لا تتعدى نسبتها 5% من محتوى الجينوم هى المسئول الوحيد عن الصفات الوراثيه ونشر Mattick, John S. دراسات بعنوان تحدى ( العقيده ) (الدوجمه) توضح فاعلية طبقه اخرى من المورثات تحملها الرونات RNAs
كانت العقيده البيولوجيه التى دامت لعقود تنص على أن الجينات تعبِّر عن نفسها كپروتينات، تُصنع عبر أربع خطوات:
يستقر أولا إنزيم على الصبغي، ثم ينزلق على طول الجينة، ناسخًا تسلسل إحدى شريطتي الدنا إلى شريطة أحادية من الرنا.
في الخطوة الثانية، تُقص أيُّ إنترونات introns (الأجزاء غير المكوِّدة من نسخة الرنا)، وتُجدَّل شدفُ التسلسل المتبقية لتشكل قطعة من الرنا المرسال mRNA.
ثم تتحرك عندئذ رسالة الرنا من النواة إلى الجزء الرئيسي من الخلية، حيث تقوم ماكينات جزيئية بترجمته إلى سلاسل من الاحماض الأمينية
. وأخيرا، تلتوي كل سلسلة وتنثني لتأخذ شكلا معقدا ثلاثي الأبعاد.
ثم ....
هذه الأشكال الثلاثية الأبعاد هي التي تجعل الپروتينات على تلك الدرجة الاستثنائية من التنوع وتعدد الاستعمالات. فبعضها يشكل عضلات وأعضاء، وبعضها يعمل كإنزيماتٍ تحفز أو تستقلب أو تؤشر كما أن بعضها ينظم عمل الجينات من خلال رُسُوِّها في مقرات نوعية من الدنا أو الرنا. فلا عجب إذا، أن كثيرًا من البيولوجيين استعمل تلك العقيده التى تقول بان تسلسلاً معينًا من الدنا لا يمكن اعتباره جينة إلا إذا كان باستطاعته أن ينتج پروتينا.
ساد الاعتقاد السابق بان الجينات هي تلك القطاعات من الدنا التي تكود لپروتينات وظيفية، ولكن هذه التسلسلات تشكل فقط 5%من الجينوم البشري. إن بقية جينوم الإنسان مليئة بدنا «غير مكوِّد»، ولكنه ليس عديم الجدوى. حيث توالت الابحاث تباعا باكتشاف جينات كثيرة غير مكودة، تنشئ أنواعًا من الرنا ذات فاعلية مدهشة، بما في ذلك ضروب بوسعها إسكات الجينات المعهودة أو تنظيم عملها.
ويعلق <ماتيك>
«أعتقد أن هذا سيصبح قصة كلاسيكية توضح كيف أدى معتقد قديم إلى إخراج التحليل الموضوعي للحقائق عن مساره الصحيح ، وهو أمر دام ربع قرن.
إن الإخفاق في تعرَّف المضامين العميقة لهذا الأمر ـ وبخاصة حقيقة أن التسلسلات المتداخلة غير المكودة، يمكن أن تَنقل معلومات موازية في صورة جزيئات رنا ـوهذا قد يسجل على أنه واحد من أكبر الأخطاء التي حدثت في تاريخ البيولوجيا الجزيئية.»
اذن .... كيف تحطمت العقيده وما اللذى يحدد مورثاتنا وصفاتنا ؟
هناك طبقتين من المعلومات الوراثيه مخبئه فى الجينوم اطلق عليها العلماء الكنز الغير مرئى بخلاف الجينات التى تكود لبروتين
. الطبقة الأولى من المعلومات، تتألف من عدد لا يحصى من جينات لا تنتج إلا الرنا RNA-only genes، توجد معزولة ضمن امتدادات stretches شاسعة من الدنا غير المكوِّد. كان العلماء قد أهملوا مثل هذا الدنا باعتباره حطاما عديم الجدوى نتج من عملية التطور؛ ذلك لأنه لا ينتج پروتينات. لكن ظهر أن هذه الجينات غير التقليدية تنتج بالفعل رناوات ناشطة، يمكن من خلالها تعديل سلوك الجينات السوية تعديلا بالغا. ومن الممكن أن يؤدي وجود خلل في جينات الرنا فقط (الجينات التي لا تنتج إلا الرنا) إلى إحداث أضرار وخيمة. فإن كثرة من هذه القطع حُفظت سليمة تقريبًا عبر ملايين السنين من التاريخ التطورى المزعوم يقف حائلا وعقبه كئود فى افتراضهم بحيادية الانتخاب فى المناطق الغير وظيفيه من الجينوم حيث لا يوجد اى ضغط انتقائى للحفاظ عليها لكونها بلا وظيفه مما يجعل الطفرات تتوالى عليها وتغير معالمها عبر التاريخ التطورى وتشمل هذه الطبقه الانترونات والترانسبوزونات والجينات االخادعه وغيرها من المناطق التى لا تكود لبروتينات والتى تمثل فى مجملها مساحات هائله فى الجينوم تتعدى نسبته 95% فى الانسان
الطبقه الثانيه والتى تزيد اهميه هى المعلومات اللاجينية epigenetic layer المختزنة في الپروتينات والكيماويات التي تحيط بالدنا وتلتصق به. وقد أطلق عليها عَلامات لاجينية epigenetic marks، ذلك أنها تؤثر بشكل كبير في صحة الكائن وخصائصه ـ حتى إن بعضها ينتقل من الوالدين إلى الطفل ـ وهي مع ذلك لا تُحْدث تغييرا في تسلسل الدنا المعني.
كيف يمكن ان تعبر تلك الطبقات من الجينوم الغير مرئى على صفاتنا ؟
يمكن أن تنشأ فروق كبيرة في المظهر الخارجي وفي صحة الكائنات الحية نتيجة تغيرات ضئيلة تحدث في جينات بالغة الصغر وغير معهودة. فمثلا، لنبات أرابيدوپسس Arabidopsis السوي أوراق ملعقية الشكل (اليسار). ولكن عندما تدخّل العلماء في نشاط رنا ميكروي تنتجه جينة رنا فقط RNA-only gene، فإن نباتات أرابيدوپسس الطافرة أصيبت بعيوب جسيمة (اليمين). إن الرنا الميكروي يتحكم على ما يبدو في مستويات نشاط جينات عديدة.
غير أنه ليس بوسع الجينات الكاذبة ولا أنواع الرنا المضادة الدلالة أن تفسر تشكل الأوراق الجَعِدة، التي شاهدها في صيف 2003 <D. ڤايگل> ومساعدوه [من معهد «ماكس پلانك» لبيولوجيا التنامي في توبنگن بألمانيا] في نبات أرابيدوپْسِس Arabidopsis. إن هذه الأعشاب (التي تنتمي إلى الفصيلة الصليبية) تتميز عادة بأوراقها الملساء الملعقية الشكل. ولقد بينت مجموعة <ڤايگل> في مجلة نيتشر Nature (في الشهر 8/2003) أن المنحنيات المتناسقة الوئيدة التي تميز أجزاء النبات إنما ترجع ولو جزئيًا إلى نوع فعال من الرنا، يسمى الرنا الميكروي microRNA. ويتضح ذلك الفرق المظهرى بالصوره التاليه
http://www.mindfully.org/GE/2003/Junk-GenomeNov03f2.GIF
هذه الفئران بالصوره التاليه هي فعلاً مستنسخات ـ رفاق الولدة (البطن الواحد) ـ منحدرة من سلالة عالية النقاوة دام استيلادها داخليا inbred، وتتشارك كلها في دنًا واحد. ومع هذا، فإن ألوان شعرها تنتمي إلى طيف يتراوح بين الأصفر الذهبي والبني وذلك بسبب الاختلافات في الارتباطات الكيميائية «اللاجينية» التي يبديها كل منها مع قطعة بعينها من الدنا، تقع خارج أي جينة معروفة. إن ألوان شعر هذه الفئران لا يمكن التنبؤ بها من خلال النظريات الوراثية الحالية.
http://www.mindfully.org/GE/2003/Junk-GenomeNov03f4.jpg
http://www.mindfully.org/GE/2003/Junk-GenomeNov03.htm (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.mindfully.org%2FGE%2F2003 %2FJunk-GenomeNov03.htm&h=rAQHYjm3-&s=1)
http://tamar.tau.ac.il/~eshel/EBJG/Paper_for_site/Micro-RNA-genome.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Ftamar.tau.ac.il%2F%7Eeshel%2F EBJG%2FPaper_for_site%2FMicro-RNA-genome.pdf&h=MAQFY3Vhc&s=1)
http://espace.library.uq.edu.au/view/UQ:66215 (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fespace.library.uq.edu.au%2Fvi ew%2FUQ%3A66215&h=vAQG3E_c7&s=1)
http://www.imb.uq.edu.au/download/large/TheUnseenGenome.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.imb.uq.edu.au%2Fdownload% 2Flarge%2FTheUnseenGenome.pdf&h=pAQHPHRe1&s=1)
http://phy.ntnu.edu.tw/~cchen/class/scitran/genome1.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fphy.ntnu.edu.tw%2F%7Ecchen%2F class%2Fscitran%2Fgenome1.pdf&h=5AQGDbju_&s=1)
//www.scientificamerican.com/article.cfm?id=the-hidden-genetic-progra (http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=the-hidden-genetic-progra)
وأخذ الباحثون يدركون أيضًا أن أي شيء قابل للحدوث في الجينوم إنما يحدث بالفعل، كما يقول <C. ساپينزا> [من جامعة تمپل] (الذي بدأ بدراسة الظواهر اللاجينية في الوقت الذي استَبْعدها بعضهم على أنها ظواهر ثانوية شاذة).
<ساپينزا....... «أنه قد تكون هناك آليات أساسية تنتظر الاكتشاف. أعتقد أننا في مستهل الحقبة الأكثر أهمية في تاريخ علم الوراثة.»
مما سبق اوضحنا انواع الطبقات الاخرى المتحكمه بصفات الكائنات الحيه ولازال التطوريون يرددون رغم ذلك مصطلح الجانك دنا والركام التطورى والاحافير الجينوميه المتراميه باهمال وتكدس بين طيات الجينوم لكن اتت نتائج مشروع اينكود لتقضى على اخر حجه لديهم بعدم فاعلية كل محتوى الجانك وظيفيا
ما الذى اكتشفته اينكود؟
اكدت النتائج التى خلص اليها فريق البحث الضخم وظيفية نحو 80% من محتوى الجانك
http://en.wikipedia.org/wiki/ENCODE (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FENC ODE&h=hAQEPoBoy&s=1)
http://www.nature.com/nature/journal/v489/n7414/full/nature11247.html (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.nature.com%2Fnature%2Fjou rnal%2Fv489%2Fn7414%2Ffull%2Fnature11247.html&h=FAQErOzs9&s=1)
وماذا عن 20 % المتبقيه ؟
يقول Birney، منسق المشروع
"من المرجح أن 80 في المئة سوف تذهب الى 100 في المئة" و "ليس لدينا حقا أي أجزاء كبيرة من الحمض النووي زائدة عن الحاجة. هذا التشبيه من غير المرغوب فيه ليست مفيدة.
ثم يؤكد تلك النتيجه مره اخرى برده على السؤال اللذى وجهه له محرر سينتيفيك اميريكان حين ساله
هل ينبغي علينا أن يتقاعد الآن مفهوم 'DNA خردة" ؟
"ورد Birney:" نعم، أعتقد حقا هذه العبارة تحتاج إلى شطب تماما من القاموس.
http://blogs.discovermagazine.com/notrocketscience/2012/09/05/encode-the-rough-guide-to-the-human-genome/#.URkuJvKRQvs (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fblogs.discovermagazine.com%2F notrocketscience%2F2012%2F09%2F05%2Fencode-the-rough-guide-to-the-human-genome%2F%23.URkuJvKRQvs&h=gAQGT9prw&s=1)
http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=hidden-treasures-in-junk-dna (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.scientificamerican.com%2F article.cfm%3Fid%3Dhidden-treasures-in-junk-dna&h=JAQFEnYZM&s=1)
http://www.icr.org/article/7074/&usg=ALkJrhjNNTXK_uRsxiLsoY1pd1fouY_3UA/ (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.icr.org%2Farticle%2F7074% 2F%26usg%3DALkJrhjNNTXK_uRsxiLsoY1pd1fouY_3UA%2F&h=uAQEjVwap&s=1)
واخيرا ما الذى يعنيه ذلك للتطور ؟
اولا كون هذه المناطق قائمه لوظيفيه فعليه ينفى عنها الاعتبار التطورى بكونها ركام وحفريات جينيه موروثه
ثانيا اعتماد المقارنات الجينوميه التى اجريت على المناطق الجينيه المكوده للبروتين والتى لا تتعدى نسبة 5% والتى حتى لم تنل الا مقارنات منحازه ومنتقاه باليد لبعض المناطق الجينيه المتماثله يعنى ببساطه عدم فاعلية النتائج المعتدمه عليها فى قضية التماثل الجينى بين الانواع فى ضوء متاهة الجينوم اللامرئى المتمثل فى المناطق الشاسعه من الجينوم الغير مكود للبروتين اللذى يمثل اغلب الجينوم للكائنات الحيه والتى تجاهلها التطوريون واسقطوها من حساباتهم
ثالثا وجود دراسات اجريت بمعرفة التطوريين انفسهم على بعض المناطق الغير مكوده بالجينوم تعطى نتائج لا تدعم بالمطلق شجرة القرابه الفليوجينيه
حيث اظهرت الدراسات التى اجريت بمعرفة فريق البحث جورجيا للتكنولوجيا باشراف أستاذ علم الأحياء جون ماكدونالد بان هناك كم كبير من المناطق الجينومية "الثغرات" في المناطق المتاخمة للجينات التي يمكن أن تؤثر على مدى "تشغيل" و "إيقاف". الجينات المكوده ويظهر البحث أن هذه الجينومية "الثغرات" بين هذين النوعين هي في الغالب بسبب الإدراج أو الحذف (INDEL) فى تسلسل retrotransposons وهى احدى المناطق الجينوميه الغير مكوده والتى كانت تعتبر بلا وظيفه والتى تشمل ما يقرب من نصف الجينوم من كل الأنواع. وجدت الدراسه اختلافات شاسعه بين الانسان والشامبنزى فى التعبير فى محتوى الحمض النووى التنظيمى فى تلك المناطق الهائله من الجينوم والتى تتعدى نصفه مما يجعل من فرضية التماثل القائمه مسبقا بمقارنة الجينات المكوده نتائج عبثيه وتجعل الهوه تتزايد
http://www.mobilednajournal.com/content/2/1/13 (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.mobilednajournal.com%2Fco ntent%2F2%2F1%2F13&h=RAQFkbFJE&s=1)
وفقا للتطوريين فأن البشر و الشمبانزي يشتركان في سلف مشترك منذ ستة ملايين سنة مضت. ثم يفترض ان الإنسان الحديث تباين من سلف (لم يحدد بعد).من 2مليون سنة مضت الفرق يساوي أربعة ملايين سنة.
علاوة على ذلك، 98 في المئة من الجينوم البشري بنسبة 2.9 مليار زوج قاعدة DNA، وهي تعادل تقريبا DNA التنظيمي، يساوي أزواج قاعدة 2.8 بليون قاعده . وعليه ،يتطلب الاعتقاد بأن الانسان بصورته الحاليه ظهر بعد تطور 2800000000 قواعد DNA وضعت بدقة يبدو بطريقة أو بأخرى، وأكثر من ذلك اختفاء DNA التنظيمية من الشمامبنزى ،فى أربعة مليون سنة، على الرغم من التجارب العمليه والمشاهدات لم ترصد هذا النوع من ظهور DNA والاختفاء في اليوم الجينوم.
ليس هذا فحسب بل كانت نتائج مخيبه لامال التطوريين فى الدراسات التى اجراها التطورييون انفسهم
دراسة أجريت عام 2007 نشرت في مجلة العلوم من قبل بوتنام واخرون. على الجينوم المثير للاهتمام لشقائق البحر .في هذه الورقة البحثية دون الكاتب ان المظهر العام لجينوم لشقائق النعمان البحرية هذه هو شبيه الى حد كبير بجينوم الانسان ......!!!!
"واحدة من المفاجآت الكبيرة لجينوم شقائق النعمان، يقول سوالا، هو اكتشاف كتل من الحمض النووي التي لديها نفس جينات التكملة كما في الجينوم البشري. الجينات الفردية قد تبادلت الأماكن، ولكنها غالبا ما ظلت مرتبطة معا على الرغم من مئات الملايين من السنين من التطور ... وعلاوة على ذلك، تبدو جينات شقائق النعمان شبيهة بالفقريات وهي غالبا ما تكون مليئة بمناطق الانترونات التى لا تشفر
، وظهرت تلك المناطق أقل شيوعا بكثير في الديدان الخيطية وذبابة الفاكهة عنها في الفقاريات من. وأكثر من 80٪ من الإنترونات في شقائق النعمان في نفس الأماكن في جينوم البشر .
.
فينيرتي وطالب الدراسات العليا سوليفان جيمس بدا أيضا في النظر الى جينوم شقائق النعمان ل283من الجينات البشرية المشاركة في مجموعة واسعة من الأمراض. وقالوا في عدد يوليو من الخريطة الوراثية البشرية انهم وجدوا 226 متماثله . وعلاوة على ذلك فان جين سرطان الثدي هو نفسه بين الانسان وشقائق النعمان عنه في الانسان والديدان الشريطية او ذبابة الفاكهة
كما ذكر أعلاه، فإن هذه الورقة تدعم فكرة أن الجينات الاساسيه داخل الجينوم ماهى الا لبنات بسيطة جدا والتي يمكن أن تستخدم لبناء العديد من أنواع مختلفة من المخلوقات - من البشر إلى شقائق النعمان للنباتات والفطريات، وحتى واحد خلايا الكائنات الحية مثل الهدبيات .
وباختصار يمكن القول بانه ليست المناطق المشفرة للبروتين هي المسؤولة عن الصفات الظاهرية للكائن الحي بل ان المعلومات اللازمة لتركيب وتجميع الكائن الحي موجودة في المناطق غير المشفرة. اذ انه يمكن استخدام اللبنات الاساسية كالطوب لبناء غرفة واحدة او بناء ناطحة سحاب كل ما نحتاج له هو مخططات مختلفة لتوجيه تلك اللبنات .
ورقة بوتنام ايضا تعارض الفكرة القائلة بانه ممكن ان نرسم اشجار وراثية بناء على اسس جينية شكلية بصورة مستمرة . ولكن بعد كل هذا يظهر ان شقائق النعمان تمتلك تجانس في الجينوم مع الانسان لا تظهره مع ذبابة الفاكهة او الديديان الشريطية فكيف يمكن تبرير هذا بالمنطق التطورى ؟
في الواقع ان الاحتجاج بان هذه الجينات قد ضاعت من قبل بعض الانواع واحتفظ بها في انواع اخرى على مدى بلايين السنين يبدو غير منطقيا البتة ). هذا تفسير حتمى ومنطقى
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17615350 (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpubmed %2F17615350&h=NAQEhUi5A&s=1)
و في مايو من عام 2004 م قام هاوسلر وبوجيرانو بمقارنة جينومات كل من الانسان والفار والجرذ باستخدام الكمبيوتر ,
لقد كانوا يتوقعون بما انه الانسان والفار الجرذ مختلفين عن بعضهم كثيرا فانهم سيجدون اختلافا جينيا كبيرا .لقد وجدوا هذه الاختلافات المتوقعة في الجينات التي يتوقع انها موروثة من السلف المشترك الا ان المفاجئة انهم وجدواامتدادات طويلة من من الحمض النوويغير المشفر والتي تتطابق تماما بين الانسان والقوارض
"كان هناك حوالي خمسمائة امتداد من الحمض النووي في الجينوم البشري التي لم تتغير على الاطلاق في الملايين والملايين من السنين التي تفصل الإنسان عن الفئران والجرذان" حسب التاريخ التطورى المفترض ،
يقول هاوسلر. "أنني على وشك الوقوع من كرسيي . انها مسالة غير عادية جدا أن يكون مثل هذاالمحتوى من الحفظ باستمرار على امتداد هذه الفترة الطويلة من الحمض النووي
http://news.bbc.co.uk/2/hi/science/nature/3703935.stm (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fnews.bbc.co.uk%2F2%2Fhi%2Fsci ence%2Fnature%2F3703935.stm&h=nAQHq3rLT&s=1)
والنتيجه الحتميه التى تواجهه التطوريين بعد اعادة صياغة الاعتقاد البيولوجى فى النظره الى الجينوم وتعبيره هى السقوط من اعلى لكل احلامهم وتهاوى القلاع الرمليه خاصتهم بخصوص شجرة القرابه الجينيه بفعل امواج متتاليه من الاكتشافات الحديثه
وسنقوم تباعا باسقاطات اكثر عمقا على مسائل متعلقه بالمقارنات الجينوميه باذن الله
حصر المصادر للتفصيل والاستزاده
http://www.imb.uq.edu.au/download/large/TheUnseenGenome.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.imb.uq.edu.au%2Fdownload% 2Flarge%2FTheUnseenGenome.pdf&h=nAQHq3rLT&s=1)
http://phy.ntnu.edu.tw/~cchen/class/scitran/genome1.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fphy.ntnu.edu.tw%2F%7Ecchen%2F class%2Fscitran%2Fgenome1.pdf&h=qAQEQ-fEd&s=1)
http://translate.google.com.eg/translate?hl=ar&sl=en&u=http%3A%2F%2Fwww.icr.org%2Farticle%2F5489%2F372% 2F&prev=%2Fsearch%3Fq%3Dhttp%3A%2F%2Fwww.icr.org%2Far ticle%2F5489%2F372%2F%26tbo%3Dd%26biw%3D1366%26bih %3D587&sa=X&ei=eRQVUbu-OdHIswaXpYDADA&ved=0CDEQ7gEwAA (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Ftranslate.google.com.eg%2Ftra nslate%3Fhl%3Dar%26sl%3Den%26u%3Dhttp%253A%252F%25 2Fwww.icr.org%252Farticle%252F5489%252F372%252F%26 prev%3D%252Fsearch%253Fq%253Dhttp%253A%252F%252Fww w.icr.org%252Farticle%252F5489%252F372%252F%2526tb o%253Dd%2526biw%253D1366%2526bih%253D587%26sa%3DX% 26ei%3DeRQVUbu-OdHIswaXpYDADA%26ved%3D0CDEQ7gEwAA&h=zAQFW1tQl&s=1)
http://translate.googleusercontent.com/translate_c?depth=1&ei=eRQVUbu-OdHIswaXpYDADA&hl=ar&prev=%2Fsearch%3Fq%3Dhttp%3A%2F%2Fwww.icr.org%2Far ticle%2F5489%2F372%2F%26tbo%3Dd%26biw%3D1366%26bih %3D587&rurl=translate.google.com.eg&sl=en&u=http%3A%2F%2Fwww.icr.org%2Farticle%2F7074%2F&usg=ALkJrhhigYbHVllm_l_ngGjxvkWJt0y_4A (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Ftranslate.googleusercontent.c om%2Ftranslate_c%3Fdepth%3D1%26ei%3DeRQVUbu-OdHIswaXpYDADA%26hl%3Dar%26prev%3D%252Fsearch%253F q%253Dhttp%253A%252F%252Fwww.icr.org%252Farticle%2 52F5489%252F372%252F%2526tbo%253Dd%2526biw%253D136 6%2526bih%253D587%26rurl%3Dtranslate.google.com.eg %26sl%3Den%26u%3Dhttp%253A%252F%252Fwww.icr.org%25 2Farticle%252F7074%252F%26usg%3DALkJrhhigYbHVllm_l _ngGjxvkWJt0y_4A&h=wAQEPnowy&s=1)
http://espace.library.uq.edu.au/view/UQ:66215 (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fespace.library.uq.edu.au%2Fvi ew%2FUQ%3A66215&h=nAQHq3rLT&s=1)
http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=hidden-treasures-in-junk-dna (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.scientificamerican.com%2F article.cfm%3Fid%3Dhidden-treasures-in-junk-dna&h=OAQH2GSP4&s=1)
http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=the-unseen-genome-gems-am (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.scientificamerican.com%2F article.cfm%3Fid%3Dthe-unseen-genome-gems-am&h=aAQEbwdPj&s=1)
http://www.idi.ntnu.no/grupper/su/publ/phd/drphil-snove-05.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.idi.ntnu.no%2Fgrupper%2Fs u%2Fpubl%2Fphd%2Fdrphil-snove-05.pdf&h=VAQEZRFsG&s=1)
http://tamar.tau.ac.il/~eshel/EBJG/Paper_for_site/Micro-RNA-genome.pdf (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Ftamar.tau.ac.il%2F%7Eeshel%2F EBJG%2FPaper_for_site%2FMicro-RNA-genome.pdf&h=xAQEyjeUH&s=1)
http://www.nature.com/nrg/journal/v2/n12/full/nrg1201-919a.html (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.nature.com%2Fnrg%2Fjourna l%2Fv2%2Fn12%2Ffull%2Fnrg1201-919a.html&h=aAQEbwdPj&s=1)
http://www.mendeley.com/catalog/controlling-double-helix/ (http://www.facebook.com/l.php?u=http%3A%2F%2Fwww.mendeley.com%2Fcatalog%2F controlling-double-helix%2F&h=fAQGKzblP&s=1)
اعداد وتقديم
نظرية التطور وحقيقة الخلق .Creation& evolution
http://www.facebook.com/CreationVsEvolutionHqyqtAlkhlqWnzrytAlttwr?ref=hl