الكود الجيني لدى الميتوكندريا... الا ينسف التطور؟

[أحمد عبدالله.]

بسم الله الرحمن الرحيم
الحمد لله... والصلاة والسلام على رسول الله... وعلى آله واصحابه اجمعين...
أما بعد,

سؤال يدور في بالي!
أخبرني زميل مؤمن بالتطور عن ان جينوم الميتوكندريا عند الانسان قريب جدا من جينوم ال E Coli!
لا اعلم صحة كلامه...
ولكن ثمة ما يؤرق بالي...
لعله نقص في فهمي للقضية ...
ام ان القضية سهلة جدا إلى درجة لا تصدق...

بعض النظريات تتحدث عن ان الميتوكندريا كانت عبارة عن بكتيريا... فإبتلعتها خلية أخرى واصبحت عضوا منها...
وهو ما يعرف بنظرية endosymbiosis ...
العجيب ان العلماء قالوا- هكذا اذكر من محاضرتنا في الجامعة- انه ثمة تبادل للجينات بين DNA الميتوكندريا و DNA النواة لدى الانسان!
ولكن بيت القصيد هنا
1334

http://en.wikipedia.org/wiki/Mitochondrion#Genome

فلو مثلا هناك هذه السلسلة موجودة في الميتوكندريا ----------AGG
لكانت ترجمتها ---------- فقط باعتبار ان AGG لديهـا stop!
ولكن ما إن تنتقل إلى النواة... اقصد الجين ينتقل من الميتوكندريا إلى النواة... تصبح الترجمة هكذا...
---------arg ------
فتعطي بروتينا آخرا مشوها لا دخل له بالاول!

وهكذا تصبح ال endosymbiosis في خبر كان !
ان لم تكن نظرية التطور كلها!
فهم يقولون ان أصل الميتوكندريا بكتيريا...
أي هناك بكتيريا عندها كود جيني مختلف عن سلفها الذي يحمل الكود العالمي Universal Genetic Code UGC أو إذا كانت هي السلف الاول فقد تغير الكود عند خلفها!
وهذا يعني انهـا صدرت بروتينات مشوهة...
والطامة الكبرى بالنسبة للملاحدة ان كان خرق Universal Genetic Code UGC ظاهرة لا تقتصر على الميتوكندريا فقط...
بل تتعداها إلى اكثر من ذلك!
ارجو ان يكون فهمي سليم...
وإلا ما هو التفسير العلمي الذي غاب عني؟

[أحمد عبدالله.]

يبدو ان المسألة اكبر من الميتوكندريا:


Recent evidence for evolution of the genetic code.
Osawa S, Jukes TH, Watanabe K, Muto A.

The following toggler user interface control may not be accessible. Tab to the next button to revert the control to an accessible version.
Destroy user interface controlCollaborators (1)
Source

Department of Biology, Nagoya University, Japan.
Abstract

The genetic code, formerly thought to be frozen, is now known to be in a state of evolution. This was first shown in 1979 by Barrell et al. (G. Barrell, A. T. Bankier, and J. Drouin, Nature [London] 282:189-194, 1979), who found that the universal codons AUA (isoleucine) and UGA (stop) coded for methionine and tryptophan, respectively, in human mitochondria. Subsequent studies have shown that UGA codes for tryptophan in Mycoplasma spp. and in all nonplant mitochondria that have been examined. Universal stop codons UAA and UAG code for glutamine in ciliated protozoa (except Euplotes octacarinatus) and in a green alga, Acetabularia. E. octacarinatus uses UAA for stop and UGA for cysteine. Candida species, which are yeasts, use CUG (leucine) for serine. Other departures from the universal code, all in nonplant mitochondria, are CUN (leucine) for threonine (in yeasts), AAA (lysine) for asparagine (in platyhelminths and echinoderms), UAA (stop) for tyrosine (in planaria), and AGR (arginine) for serine (in several animal orders) and for stop (in vertebrates). We propose that the changes are typically preceded by loss of a codon from all coding sequences in an organism or organelle, often as a result of directional mutation pressure, accompanied by loss of the tRNA that translates the codon. The codon reappears later by conversion of another codon and emergence of a tRNA that translates the reappeared codon with a different assignment. Changes in release factors also contribute to these revised assignments. We also discuss the use of UGA (stop) as a selenocysteine codon and the early history of the code

.


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1579111



(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1579111)

[أحمد عبدالله.]

للرفع... صراحة احتاج للجواب حتى لا اقع في خطأ جهلي بالنظرية فتكون حجة علي وليس لي...
هل للقوم تفسير لهذه الظاهرة؟

[hamzaD]

ارحمنا من هذه المواضيع الصعبة قليلا...

اكاد اقول انك وقعت على ثغرة حقيقة اخي الكريم...المهم ان ننتظر طالبة تقوى و دين لتحسم المسالة

لنبدا الان....

أخبرني زميل مؤمن بالتطور عن ان جينوم الميتوكندريا عند الانسان قريب جدا من جينوم ال E Coli!
الافتراض خاطئ، لان من المفروض ان جينوم المايتوكوندريا تغير تغيرا جدريا مع الوقت بطريقة تجعله يختلف تماما عن سلفه البكتيري، ففي احسن الاحوال سيكون التشابه راجعا لصغر الجينوم.

وهكذا تصبح ال endosymbiosis في خبر كان !
اظنها اصبحت في مقام النظرية لانهم يزعمون ان الادلة توافرت لدعمها، لكنهم في الحقيقة يستعملون نفس الخطا اي انهم اينما وجوا تشابها حكموا على انه حصل هناك تطور.

ولكن ما إن تنتقل إلى النواة... اقصد الجين ينتقل من الميتوكندريا إلى النواة... تصبح الترجمة هكذا...

الم تسمع بشيء اسمه الانتخاب الطبيعي...:p:
هذه الكائنات التي ستنتقل اليها هذه الكودونات المكودة لتلك الاحماض المخربة للبروتينات لن تعيش، و لن يبقى الى الانتقالات التي لم تؤثر و التي تشفر لنفس الحمض

في احد الكتب الفرنسية وجدت التالي


[Le code génétique utilisé dans les mitochondries d’animaux et de champignons diffère du code utilisé dans tous les gènes nucléaires procaryotes et eucaryotes. Le code génétique diffère même dans les les mitochondries d’espèces distinctes, on ignore pourquoi et comment ces différence sont apparues au cours de l’évolution

الترجمة
الشفرة الوراثية الموجودة في الماتوكوندريا عند الحيوانات و الفطريات تختلف عن تلك الموجودة في كافة الجينات للكائنات سواء في حقيقية النواة و غير حقيقية النواة. الشفرة الوراثية تختلف تماما حتى بين مختلف الانواع المتمايزة، و نحن نجهل الى الان لماذا و كيف ظهرت هذه الاختلافات مع التطور

اعتذر عن رداءة الترجمة و الا فالفكرة الاساسية واضحة... لا احد يعلم لماذا في المايتوكوندريا تترجم الكودونات بطريقة مختلفة عن الترجمة العادية.
http://books.google.co.ma/books?id=gSFbGLVFwMEC&pg=PA441&lpg=PA441&dq=cause+de+difference+du+code+g%C3%A9n%C3%A9tique +mitochondrial&source=bl&ots=ZoJNjEXwbn&sig=ZtgRD8kmjfWx4ctWXO_5sKL6d8k&hl=fr&sa=X&ei=5J5yUeTABMmp7Abhn4HoDA&redir_esc=y#v=onepage&q=cause%20de%20difference%20du%20code%20g%C3%A9n%C 3%A9tique%20mitochondrial&f=false

We propose that the changes are typically preceded by loss of a codon from all coding sequences in an organism or organelle, often as a result of directional mutation pressure, accompanied by loss of the tRNA that translates the codon. The codon reappears later by conversion of another codon and emergence of a tRNA that translates the reappeared codon with a different assignment. Changes in release factors also contribute to these revised assignments. We also discuss the use of UGA (stop) as a selenocysteine codon and the early history of the code
كل الكلام الذي قلت سليم و الدليل هذه الفقرة اعلاه
يا اخي هل عمرك شفت مثل هذا التكلف في الافتراضات، كودون يزال وقت ما ارادوا و يعيدونه وقت ما ارادوا، نفس الشيء بخصوص الرنا..اتعرف السبب ؟
لانهم اصلا يبدؤون بالافتراضات عند القول مثلا بالتطور او الاندماج و عندما تحاصرهم المشاهدات يفترضون ثانية حتى يختلط عليهم الامر.

[أحمد عبدالله.]

ارحمنا من هذه المواضيع الصعبة قليلا...
بل نظريتهم صعبة لا يقبلها العقل...

الافتراض خاطئ
لم اسلم به أعلاه... ولكن استهشدت به لإلزامهم... اذ يقولوا ان البكتيريا هي السلف...
فإن كان السلف كيف تغير الكود؟

اظنها اصبحت في مقام النظرية لانهم يزعمون ان الادلة توافرت لدعمها
سألت دكتورا تطوريا عندنا فأخبرني انها ينكرها... فهناك فرضيات تطورية أخرى...

هذه الكائنات التي ستنتقل اليها هذه الكودونات المكودة لتلك الاحماض المخربة للبروتينات لن تعيش، و لن يبقى الى الانتقالات التي لم تؤثر و التي تشفر لنفس الحمض

لا أعرف ان اخطأت في ايصال فكرتي...
تخيل خلية x كانت سلف الميتوكندريا...
كان عندها نفس الكود...
فإما ان نشأت ال X عن الكود العالمي أو كان اجدادها اصحاب الكود العالمي...
وهناك بروتينات لا تحتمل ان تخسرها الخلية...
ولا تحتمل العبث بالكود هكذا...

Le code génétique diffère même dans les les mitochondries d’espèces distinctes
هذا عليهم ايضا...
ويضيف المسألة تعقيدا...

[أحمد عبدالله.]

ولولا تنبهت اخي...
فمشكلتهم تعدت الميتوكندريا
The genetic code, formerly thought to be frozen, is now known to be in a state of evolution. This was first shown in 1979 by Barrell et al. (G. Barrell, A. T. Bankier, and J. Drouin, Nature [London] 282:189-194, 1979), who found that the universal codons AUA (isoleucine) and UGA (stop) coded for methionine and tryptophan, respectively, in human mitochondria. Subsequent studies have shown that UGA codes for tryptophan in Mycoplasma spp. and in all nonplant mitochondria that have been examined. Universal stop codons UAA and UAG code for glutamine in ciliated protozoa (except Euplotes octacarinatus) and in a green alga, Acetabularia. E. octacarinatus uses UAA for stop and UGA for cysteine. Candida species, which are yeasts, use CUG (leucine) for serine. Other departures from the universal code, all in nonplant mitochondria, are CUN (leucine) for threonine (in yeasts), AAA (lysine) for asparagine (in platyhelminths and echinoderms), UAA (stop) for tyrosine (in planaria), and AGR (arginine) for serine (in several animal orders) and for stop (in vertebrates). We propose that the changes are typically preceded by loss of a codon from all coding sequences in an organism or organelle, often as a result of directional mutation pressure, accompanied by loss of the tRNA that translates the codon. The codon reappears later by conversion of another codon and emergence of a tRNA that translates the reappeared codon with a different assignment. Changes in release factors also contribute to these revised assignments. We also discuss the use of UGA (stop) as a selenocysteine codon and the early history of the code

[أحمد عبدالله.]

ساصوغ الفكرة بشكل اوضح...

Candida species, which are yeasts, use CUG (leucine) for serine
لا بد بزعمهم ان هذا الفطري تطور عن آخر...
كان يستخدم CUG ك leucine!
تحول الكائن الآخر- بقدرة داروين السحرية- إلى هذه الفصيلة من ال candida!
وحمل الكود الجيني...
الذي يحمل سلسلة القواعد النيتروجينية...
منها CUG!
في الحالة الطبيعية تترجم مع سائر البروتين إلى leucine!
فإذا بها تصبح serine! في عدة مواضع من البروتين...
فتخرب الأخيرة...
ولا تقل لي ان البروتين لم ينتقل بحكم الانتخاب السحري...
هناك بروتينات خط احمر...
ولا بد ان احداها اصله CUG!
ارجو ان أكون قد اوصلت الفكرة

[BStranger]

الاخت طالبة علم وتقوى تفيدك فهي أكثر علماً في هذه المواضيع.

[hamzaD]

مهلا اخي.....
اتفق معك مبدئيا في كل ما تقوله....لكن القضية تحتاج تفكير و تامل....

[أحمد عبدالله.]

مهلا اخي.....
اتفق معك مبدئيا في كل ما تقوله....لكن القضية تحتاج تفكير و تامل....
هذا ما قلته أعلاه...
التمهل...

لعله نقص في فهمي للقضية ...
ام ان القضية سهلة جدا إلى درجة لا تصدق...

للرفع... صراحة احتاج للجواب حتى لا اقع في خطأ جهلي بالنظرية فتكون حجة علي وليس لي...
هل للقوم تفسير لهذه الظاهرة؟

[hamzaD]

لا املك الا ان اتفق معك......لا اجد طريقة لتغيير طريقة قراءة الكود دون احداث بروتينات مشوهة
حتى هذا الحل...

We propose that the changes are typically preceded by loss of a codon from all coding sequences in an organism or organelle, often as a result of directional mutation pressure, accompanied by loss of the tRNA that translates the codon. The codon reappears later by conversion of another codon and emergence of a tRNA that translates the reappeared codon with a different assignment. Changes in release factors also contribute to these revised assignments. We also discuss the use of UGA (stop) as a selenocysteine codon and the early history of the code

اجده غير منطقي بالمرة........

[أحمد عبدالله.]

أرفع لفوق